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Présentation INRAE
L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.
Environnement de travail, missions et activités
Vous rejoindrezl'unité mixte de recherche « Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne » (UMR 1287 EGFV), basée à l'Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), près de Bordeaux. Cette unité de recherche rassemble une équipe de recherche pluridisciplinaire spécialisée en écophysiologie, physiologie végétale, biologie moléculaire et génétique. Ses recherches portent sur la compréhension du fonctionnement des vignes greffées et des déterminants de la qualité des baies de raisin dans le contexte du changement climatique, afin d’identifier des solutions d’adaptation. L'unité offre un environnement scientifique et technique exceptionnel, intégrant des chercheurs de l'INRAE, des enseignants chercheurs et des étudiants de l'Université de Bordeaux et de Bordeaux Sciences Agro.
Nous recherchonsun.e doctorant.e très motivé.e pour contribuer au projet de thèse financé par INRAE, dont l’objectif principal est d’évaluer le potentiel de l’anatomie racinaire pour sélectionner des porte- greffes de vigne adaptés à la sécheresse.
Lesracinesjouentunrôleessentieldanslemaintiendustatuthydriquedesplantesetdansl’acquisition des nutriments. Par conséquent, elles ont été identifiées comme des cibles importantes pour l’améliorationgénétiquevisantàdévelopperdesculturesmieuxadaptéesauchangementclimatiqueet aux systèmes de production agroécologiques. Dans le contexte du changement climatique, les viticulteurs expriment un besoin croissant de porte-greffes de vigne mieux adaptés aux conditions de sécheresse. Afin d’intégrer efficacement l’adaptation des racines à la sécheresse dans les programmes de sélection, il est indispensable d’identifier des idéotypes racinaires permettant d’optimiser l’acquisition de l’eau, de décrypter leurs bases génétiques et d’évaluer leur potentiel d’amélioration au sein des populations de sélection. L’objectif principal de cette thèse est d’évaluer le potentiel des caractères anatomiques racinaires pour leur intégration dans des programmes de sélection visant à améliorerl’acquisitiondel’eauchezlavigneenconditionsdesécheresse.Àcettefin,nouscombinerons des approaches de modélisation, phénotypage à haut débit et génomique afin de :
1 - Identifierlescaractèresanatomiquesracinairesfavorisantunemeilleurecapacitéd’absorptionde l’eau chez la vigne.
2 - Identifierlesrégionsgénomiquescontrôlantl’expressiondesprincipauxcaractèresanatomiques racinaires.
3 - Évaluerlacontributiondel’anatomieracinaireàl’adaptationàlasécheressedansunpanelde diversité de vignes sauvages (Vitisspp.).
Conditions particulières d’activité : travail au laboratoire et en serre/vignoble. Séjours scientifiques à l’étranger possibles.
Formations et compétences recherchées
Master/Ingénieur (Bac+5)
* Vosresponsabilitésserontlessuivantes:
* Travail expérimental:Des expérimentation de sécheresse en conditions contrôlées et suivi des platesauvignoble.Phénotypagedel’architectureetdel’anatomieracinairesurdescoupestransversales de racines de porte-greffes de vigne.
* Modélisationdes propriétés hydrauliques (conductance radiale et axiale) des racines. Elles seront simulées en prenant en compte les caractéristiques anatomiques à partir de différents modèles: GRANAR (Heymans et al. 2021) et MECHA (Couvreur et al. 2018).
* Analyse des imagesissues de la microscopie, obtenues par différentes techniques pour estimer les traits anatomiques à partir de sections transversales. Des approches de machine learning pour la segmentation des images seront mises en œuvre.
* Analysedegénétiquequantitative:recherchedesQTLsurunefamillebi-parentaleetanalysedela diversité génétique sur un panel de espèces Vitissauvages.
* Valorisation scientifique des résultats:communications dans des conférences, publications et rapports.
*Couvreur, V., Faget, M., Lobet, G., Javaux, M., Chaumont, F., & Draye, X. (2018). Going with the Flow: Multiscale Insights into the Composite Nature of Water Transport in Roots. Plant Physiology, 178(4), 1689-1703. https://doi.org/10.1104/pp.18.01006
Heymans, A., Couvreur, V., & Lobet, G. (2021). Combining cross-section images and modeling tools to create high-resolution root system hydraulic atlases in Zea mays. Plant Direct, 5(7), e00290. https://doi.org/10.1002/pld3.334
* Formation recommandée: Master/diplôme d'ingénieur en génétique quantitative et /ou amélioration des plantes et /ou biologie évolutive.
* Connaissances souhaitées: Physiologie végétale, traitement des données génomiques. Une expérience précédenteenmicroscopie,modélisationet/ouanalysed’imagesseraunatout.Ungoutpourl’aplication de l’Intelligence Artificielle (machine learning) au phénotypage haut-débit (notamment pour la segmentation d’images) sera un plus important. La manipulation du logiciel R est indispensable et des bases sur le langage Python sont recommandées.
Aptitudesrecherchées:travailenéquipeetcommunicationdesrésultats
Votre qualité de vie à INRAE
En rejoignant INRAE, vous bénéficiez(selon le type de contrat et sa durée) :
- jusqu'à30 jours de congés+ 15 RTTpar an (pour un temps plein)
- d'un soutienà la parentalité : CESUgarded'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences: formation, conseilen orientation professionnelle ;
- d'un accompagnementsocial : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestationsvacancesetloisirs :chèque-vacances,hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activitéssportivesetculturelles ;
- d'unerestaurationcollective.
Modalités pour postuler
J'envoie mon CV et ma lettre de motivation
Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publiquenotamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.> En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr
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