Contexte et atouts du poste
Le poste proposé est ouvert dans l' équipe Inria MOSAIC, dont le projet scientifique s'articule autour de la modélisation mathématique et la simulation numérique de questions en biologie dévelopementale végétale. Dans le cadre du projet Mechaverse la personne recrutée aura pour mission de développer une librairie python de simulation numérique, basée sur les methodes d'éléments finis (FEM). L'objectif est de fournir un corpus d'outils permettant de simuler la morphogenèse des tissus végétaux. Concrètement la librairie attendue doit permettre de résoudre une gamme large de problèmes aux valeurs initiales et aux valeurs limites (BVP & IBVP) sur des domaines dynamiques, issues d'aquisition 3D de tissus biologiques. Ce travail s'effectuera en étroite collaboration avec les chercheurs et ingénieurs de recherche de l'équipe mais également en interaction avec les collaborateurs biologistes de l'équipe.
Mission confiée
Missions :
Accompagné en particulier par Olivier Ali (CR Inria), Julien Derr (Prof. ENS) et Manuel Petit (IR Inria), la personne recrutée devra développer une nouvelle version de la librairie BVPy, initialement développée dans l'équipe pour la resolution de BVP et d'IBVP sur des domaines statiques. Les axes d'amélioration souhaités sont:
1. La prise en charge de maillages complexes, extraits d'images de microscopie confocale 3D.
2. L'implémentation d'un module de remaillage permettant l'édition de ces maillages en vue de simuler leur croissance.
3. L'optimisation du code permettant sa parallélisation, en vue de scénarios de simulations "multi-physiques".
Pour une meilleure connaissance du sujet de recherche proposé :
4. Site web de l'équipe d'accueil (MOSAIC) et du laboratoire de biologie associée (RDP).
5. Librarie BVPy V1.0: article dans Journal of Open Source Software et dépot Boudon, Ali, Chopard et al PLoS Comp Biol 2015
Collaboration :
La personne recrutée travaillera sous la direction d'Olivier Ali et Julien Derr ; en étroite collaboration avec les ingénieurs de recherche de l'equipe Mosaic.
Responsabilités :
La personne recrutée sera en charge du développement technologique de la librairie. Elle pourra être amenée à superviser le travail de stagiaires recrutés ponctuellement sur le projet. Elle aura également un rôle d'accompagnement pour permettre aux chercheurs et étudiants de l'équipe d'utiliser les outils développés dans le cadre de leur programmes de recherche.
Principales activités
Principales activés (5 maximum) :
6. Design et développement de l'architecture et des nouveaux composants de la librairie BVPy.
7. Implémentation d'un module de remaillage dynamique (basé sur GMSH et/ou CGal)
8. Optimisation des performances au travers notamment d'une parallélisation des processus.
Activités complémentaires (3 maximum) :
9. Diffusion de la librairie aux travers de présentations scientifiques et techniques (en interne et vers les collaborateurs extérieurs)
10. Mise en place d'outils de formation permettant cette diffusion (notebooks, tutoriaux, séances de travaux dirigées) auprès d'un public scientifiques (chercheurs, ingénieurs, étudiants).
Compétences
Compétences techniques et niveau requis :
11. Master ou équivalent avec une expertise en calcul scientifique.
12. Connaissances théoriques et expérience pratique avec les Méthodes d'Élements Finis.
13. Programmation Python et connaissance des outils de développements modernes (IDE, versioning...)
Langues :
14. Français
15. Anglais (> = B1)
Compétences relationnelles :
16. Annimation de réunions scientifiques.
Avantages
17. Restauration subventionnée
18. Transports publics remboursés partiellement
19. Congés : 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
20. Possibilité de télétravail (90 jours par an flottants) et aménagement du temps de travail
21. Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
22. Accès à la formation professionnelle
23. Participation employeur mutuelle santé (sous conditions)
Rémunération
A partir de 2 692 € brut mensuel selon expérience et diplômes.
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