Ingénieur-e de recherche en écologie microbienne : étude des microbes protecteurs de la vigne

Vos missions en quelques mots Vous serez accueilli(e) au sein de l’équipe ‘Rooti’ (pour Root interactions) de l’UMR ‘Ecophysiologie et Génomique fonctionnelle de la Vigne’ (EGFV) ainsi que dans l’UMR ‘Santé et Agroécologie au Vignoble’ (SAVE) sur le site INRAE de Nouvelle Aquitaine-Bordeaux (Villenave d’Ornon). Les UMR EGFV et SAVE collaborent sur l’étude du microbiome de la vigne et ont pour objectif commun d’identifier les traits de la plante en lien avec les biomarqueurs microbiens de l’état de santé des écosystèmes viticoles.Vous interviendrez dans le programme de recherche PARSADA GetUp, qui a pour objectif de développer des stratégies de biocontrôle du mildiou, basées sur la gestion du microbiote de la vigne (https://getup.inrae.fr/actions-de-recherche). Vous étudierez l’effet du génotype de porte-greffe sur la présence de microorganismes potentiellement protecteurs contre le mildiou, dans les compartiments racinaires (rhizosphère et racines) et aériens (bois et feuilles) (AR6 du projet). Les prélèvements seront réalisés en 2026 sur la parcelle GreffAdapt cultivée sur le site de l’UE ‘Vigne & Vin Bordeaux’. Une quinzaine de porte-greffes et trois cépages ont été sélectionnés afin d’étudier la composition des microbiomes des différents compartiments via différentes approches (metabarcoding, dPCR et puces Fluidigm). A partir de ce premier jeu de données, une deuxième série de prélèvements et d’analyses sera effectuée en 2027 sur une sélection de combinaisons cépage/porte-greffe favorisant des associations avec des microorganismes candidats de biocontrôle, afin de confirmer les résultats. La puce Néovigen sera utilisée pour évaluer l’expression des gènes de défense de la plante en fonction des porte-greffes et des microbiotes associés (https://bc2grape-inrae.fr/nos_services/neovigen/), dans l’objectif d’identifier les processus moléculaires impliqués. Vous participerez également à l’AR1 en analysant les communautés de champignons mycorhiziens à arbuscules, par des approches de type metabarcoding, dans des racines de plants prélevés dans des parcelles contrastées en termes de symptômes de mildiou, issues de cinq régions viticoles. Profil recherché Formation recommandée : Thèse en écologie microbienne, ou en interaction plante-microorganismes.Connaissances souhaitées : Connaissances sur le microbiome des plantes et ses méthodesd’analyse (metabarcoding) ; biostatistiques.Expérience appréciée : Programmation R, analyse metabarcoding, utilisation d'une infrastructure de calcul type HPC et git/gitlab pour la gestion de projet d’analyse.Aptitudes recherchées : Rigueur, motivation, esprit d’équipe et bon relationnel. Permis B. Niveau d'études minimum requis Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents