Présentation d'INRAE
INRAE, Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement, est un organisme public de recherche qui réunit
12 000 collaborateurs
au sein de
272 unités
réparties sur
18 centres en France
. Premier organisme mondial spécialisé sur l'ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.
Face à l'augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s'engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l'évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.
Environnement de travail, missions et activités
Vous pourrez exercer votre activité au sein de l'équipe "Diversité, Evolution et Adaptation des populations" (DEAP), et participerez à l'axe transversal "Génétique des interactions".
Vous bénéficierez des essais de blé et pois sur les parcelles de l'UE Versailles-Saclay, étudiés en génétique quantitative couplée à de la modélisation écophysiologique et du phénotypage haut-débit par drone (DEAP).
Vous bénéficierez des méthodes statistiques d''intégration multi-omique développées par les unités GQE-Le Moulon et MIA Paris-Saclay sur la réponse du maïs au déficit hydrique (équipes BASE, GEvAD, GQMS). Concernant le microbiome, vous vous insérerez dans la collaboration initiée entre DEAP et les unités LIPME, LEM et Eco&Sols.
Vous bénéficierez de la proximité avec la plateforme de protéomique PAPPSO (l'une des équipes de GQE), ainsi qu'avec la plateforme de transcriptomique POPS de l'unité IPS2.
Vous bénéficierez des services mutualisés de l'unité pour l'accès aux serveurs de stockage et de calcul.
La transition agroécologique implique une limitation des intrants non-renouvelables et une mobilisation des interactions biologiques. La diversification intra-parcelle, avec les mélanges variétaux et d'espèces, en est un levier majeur, notamment chez les céréales à paille et les légumineuses, mais les bases génétiques des interactions écologiques sont encore largement inconnues, et l'explosion combinatoire du nombre de mélanges possibles complique la sélection pour l'aptitude au mélange. Vous piloterez des recherches pour comprendre le déterminisme génétique et moléculaire des interactions entre plantes et avec leurs microorganismes associés (holobionte). Vous contribuerez à mobiliser les technologies omiques à plusieurs échelles (transcrits, protéines, métabolites) pour caractériser la plasticité des variétés entre culture monovariétale et mélange et quantifier la diversité des microorganismes associés et leurs fonctions, en lien avec les de l'unité étudiant la génétique des mélanges chez le blé aux échelles de la plante et du peuplement. Vous assurerez l'analyse statistique intégrative de ces systèmes, en lien avec les de l'unité en génétique des systèmes chez le maïs pour atteindre un certain niveau de généricité, et évaluerez l'intérêt de cette intégration en terme de prédiction de l'aptitude des variétés au mélange.
Vous serez en charge d'identifier les essais existants, puis de concevoir les nouveaux essais impliquant des mélanges variétaux de blé ou d'espèce blé-pois et permettant la collecte d'échantillons au champ à partir de prélèvements plus ou moins destructifs (feuilles, racines, plantes). Vous concevrez les plans d'expérience permettant d'une part d'évaluer différents protocoles en terme de stade phénologique, d'organe, de nombre de réplicats, de technique de prélèvement en fonction du type de données moléculaires recherchées (ADN, ARN, protéines, métabolites), et d'autre part de collecter des échantillons sur une large diversité génétique et phénotypique, voire dans différents environnements (conduites, précédents, sites-années). Vous serez responsable d'identifier les méthodologies statistiques existantes et d'en développer de nouvelles, notamment pour intégrer différents types de données omiques, et faire le lien avec la diversité génétique des plantes. Vous serez en charge de la recherche de financements pour ces projets. Vous ferez une veille scientifique concernant les technologies omiques et les résultats scientifiques issus de ces technologies appliquées à la diversification intra-parcelle et à l'agroécologie plus largement, ainsi que les modèles statistiques, d'apprentissage automatique et d'IA. Vous gérerez les données issues de vos projets en accord avec la politique de l'unité et les principes FAIR. Vous contribuerez à la réflexion de fond dans l'unité sur la sélection dans et pour des conditions agroécologiques, ainsi que la mobilisation des approches omiques dans un tel objectif.
Dans toutes ces activités, vous bénéficierez de l'aide de votre équipe d'accueil et de ses collaborateurs, avec des essais mis en place régulièrement, des données omiques déjà acquises ou en cours d'acquisition dans des essais de tailles plus ou moins grandes. Vous bénéficierez également des échanges scientifiques avec les autres collègues de l'unité.
Formations et compétences recherchées
Doctorat ou équivalent (niveau 8)
Vous avez une formation de niveau Master autour des disciplines Biologie/Génétique/Écologie, associée à une thèse réalisée soit en étude des interactions plantes-plantes, soit en génétique quantitative, soit en analyse de données multi-omiques.
Vous avez des compétences solides en analyses statistiques de grands jeux de données, ainsi qu'en intégration de données moléculaires structurées mais hétérogènes. Vous avez acquis une expertise en approches expérimentales ainsi qu'en programmation. Vous faites preuve de fortes qualités de travail en équipe et savez mobiliser des capacités à interagir avec différentes équipes de recherche.
Enfin, vous avez un intérêt marqué pour l'agroécologie et les essais au champ.
Votre futur poste expliqué en vidéo
Votre qualité de vie à INRAE
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* d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
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