Ingénieur-e biostatisticien-ne

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.


Environnement de travail, missions et activités

L’Unité CarMeN est un pôle d’excellence qui rassemble les principales forces de recherche dans les domaines du métabolisme, de la nutrition et des maladies cardiovasculaires à Lyon. Regroupant environ 160 personnes, chercheurs, enseignants, praticiens hospitaliers, et s’appuyant sur des plateformes de recherche clinique (CRNH, CIC) et technologiques de pointe (génomique, histologie, imagerie, exploration in vivo), CarMeN offre un environnement unique pour la réalisation d’une véritable recherche translationnelle. CarMeN est formé de 3 équipes de recherche, regroupant 160 personnes (15 chercheurs INSERM, INRAE ou CNRS ; 44 enseignant-chercheurs dont 31 hospitalo-universitaires ; 18 praticiens hospitaliers; 27 ingénieurs, techniciens et administratifs et environ 60 étudiants et post-doctorants). CarMeN est membre de l’Institut Thématique Multiorganisme (ITMO).

Le poste sera basé au sein de l’Unité CarMeN (Hôpital Lyon Sud Secteur 2, Bâtiment CENS ELI-2D, 165 Chemin du Grand Revoyet à 69310 PIERRE BENITE) dans l’équipe DO-IT «Diet and food matrix in Obesity: role of the Intestinal tract and innovative Therapeutics». Au sein du laboratoire, l’équipe DO-IT développe des recherches reconnues au niveau international sur les effets physiologiques et métaboliques des lipides d’origine animale et végétale. Un objectif de l’équipe est de comprendre comment les lipides et bactéries des produits laitiers modulent le microbiote intestinal et ses fonctions métaboliques, dans une perspective de prévention nutritionnelle des désordres métaboliques. Le projet porte sur l’analyse de données de modèles in vitro et in vivo d’études du microbiote intestinal, des analyses omiques (microbiote, métabolomique, lipidomique) et des données humaines complémentaires.

Missions:

Organiser la préparation des données et leur traitement statistique au moyen des outils statistiques et informatiques les mieux adaptés au contexte d'une étude ; élaborer l'enchainement des traitements, du choix des méthodes existantes à l'analyse des résultats et jusqu'à leur diffusion.

Activités principales:

* Concevoir et gérer les bases de données de recherche multi-dimensionnelles
o Analyser et intégrer des données complexes et hétérogènes issues des plateformes partenaires (séquençage du microbiote 16S, métabolomique / lipidomique ciblée et non ciblée, données physiologiques et métaboliques issues de modèles murins)
o Développer et automatiser des pipelines de traitement statistique et bioinformatique (R, Python).
o Effectuer des analyses de données multivariées et intégratives (corrélations, PCA, PLS-DA, analyses réseaux) pour relier microbiote – métabolites – phénotypes.
o Contribuer à la modélisation des interactions bactéries/lipides/microbiote.

Activités associées:

* Rédiger les sections statistiques de rapports et articles scientifiques, ainsi que des synthèses de présentation des résultats des analyses statistiques (français et anglais).

Contrainte du poste: Travail sur ordinateur


Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Connaissances:

Très bonnes connaissances en statistiques :

* Régressions linéaires et logistiques
o Modèles mixtes
o Clusters et analyses multivariées (ACP…)

Savoir-faire:

* Capacité à traiter, nettoyer et structurer des bases de données.
o Maitriser les logiciels R, Python ou équivalent pour le traitement de données
o Gérer des bases de données de grande taille

Aptitudes:

* Capacité de travail en équipe
o Autonomie, rigueur, organisation
o Anglais technique

Expérience souhaitée:

Débutant-e accepté-e sous réserve d’une expérience préalable (stage) en recherche en biostatistique

* Une première expérience dans le domaine de la biologie, du microbiote ou en nutrition-santé serait un plus.
* Une connaissance des approches d’analyse de données omiques (microbiome, métabolomique) serait un plus.

Diplôme-e souhaité-e:

Master 2 en en biostatistiques, bioinformatique, data science appliquée à la biologie ou domaine connexe


Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez(selon le type de contrat et sa durée) :

- jusqu'à30 jours de congés+ 15 RTTpar an (pour un temps plein)
- d'un soutienà la parentalité : CESUgarded'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences: formation, conseilen orientation professionnelle ;
- d'un accompagnementsocial : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestationsvacancesetloisirs :chèque-vacances,hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activitéssportivesetculturelles ;
- d'unerestaurationcollective.


Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publiquenotamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.> En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr