La réglementation de plus en plus contraignante vis-à-vis de l'utilisation des pesticides chimiques et la recrudescence de résistances dans les populations d'insectes ravageurs obligent les producteurs agricoles à trouver des solutions alternatives qui vont de la mise en place de nouvelles stratégies d'amélioration des pratiques culturales, des semences ou la découverte et l'utilisation d'agents biologiques. Des travaux antérieurs ont permis de mettre en avant l'intérêt du champignon entomopathogène Metarhizium comme moyen de lutte biologique contre les taupins, larves de coléoptères qui sont un des ravageurs principaux des cultures semencières et légumières. L'équipe d'accueil est sollicitée pour évaluer de façon pluriannuelle les relations potentielles entre les populations de champignons dans le sol et les ravages provoqués par les taupins. Un suivi de ces populations de champignon, avec une attention particulière pour le genre Metarhizium, sera mis en place dans des essais au champ en parallèle avec tout un ensemble d'analyses conduites par les partenaires du projet pour tenter de définir les paramètres, les pratiques et les solutions permettant de lutter efficacement contre les taupins.
La personne recrutée réalisera les expérimentations et la lecture des résultats. Selon le profil et la motivation, elle pourra également participer à la mise au point des dispositifs expérimentaux, à l'analyse et la mise en perspective des résultats par rapport aux objectifs du projet.
Activités
- Echantillonnage, gestion de banques d'échantillons
- Extraction d'acides nucléiques sur échantillons de sols et organes végétaux, PCR, qPCR, séquençage haut-débit next-gen, gestion et analyse de résultats de séquençage haut-débit next-gen
- Gestion des commandes, relations avec fournisseurs et partenaires du projet
Compétences
Le ou la candidat(e) devra :
- Avoir une expérience solide en biologie moléculaire (manipulation ADN, extraction, clonage, séquençage, PCR et qPCR),
- Avoir des connaissances voire une expérience en analyses bio-informatiques et statistiques des données de séquençage à haut débit (Excel, QIIME2 et R).
Contexte de travail
La personne recrutée travaillera au sein du pôle Chimie et Microbiologie de l'Environnement (CME) de l'IPREM (Institut des Sciences Analytiques et de Physico-Chimie des Matériaux), dans le bâtiment IBEAS situé sur le campus universitaire de l'université de Pau et des Pays de l'Adour (Sud-Ouest de la France). Ce bâtiment héberge une trentaine de chercheurs, post-docs et doctorants ainsi que tous les équipements dédiés à la microbiologie environnementale. La personne recrutée rejoindra un groupe de 2 chercheurs impliqués dans une collaboration avec plusieurs instituts techniques et de recherche dans le secteur des productions agricoles (ARVALIS, Innov3PT, CTIFL), l'INRAE et des laboratoires universitaires dont les objectifs sont d'évaluer la pertinence de solutions agro-écologiques sur les populations de taupins.
Contraintes et risques
RAS
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