Ingénieur d'etudes en gestion et analyse de données de protéomique - h/f

Labellisé en mai 2023, l’Institut Hospitalo-Universitaire (IHU) Immun4Cure est le fruit de la
collaboration entre l’Inserm, le CHU de Montpellier et l’Université de Montpellier. Il incarne
une initiative novatrice rassemblant 15 équipes mixtes de recherche et plus de 200 personnels de recherche. Centré sur la polyarthrite rhumatoïde, le lupus et la sclérodermie, les objectifs sont :

* Comprendre et modéliser la réponse immunitaire à partir de modèles pré-cliniques humanisés
* Proposer un parcours de soins optimisé et dédié aux maladies auto-immunes systémiques
* Favoriser l'accessibilité aux thérapies curatives par le développement de stratégies basées sur les technologies ARN
* Favoriser la formation et développer une école de santé de biotechnologies et applications en santé

Mission principale :

L’ingénieur·e d’études recruté·e aura pour mission de mettre en œuvre, exploiter et maintenir des pipelines automatisés de traitement de données de protéomique, en lien étroit avec la plateforme de protéomique et les équipes de bioinformatique de l’IHU Immun4Cure.

Il/elle participera à l’intégration, à la structuration et à la qualité des données protéomiques au sein de la base de données centrale de l’IHU, ainsi qu’au suivi des traitements automatisés.
Les pipelines concerneront notamment des approches de protéomique en cellules uniques, impliquant l’utilisation d’outils et de librairies spécifiques (dont Olink).

Selon l’expérience acquise, l’ingénieur·e d’études pourra être amené·e à contribuer à des analyses exploratoires de jeux de données protéomiques, en appui aux projets scientifiques des équipes de recherche.

Activités principales :

* Implémenter et déployer des pipelines automatisés de traitement de données de protéomique, en combinant logiciels constructeurs et outils open source.
* Intégrer ces pipelines à la plateforme multimodale de l’IHU : alimentation de la base de données centrale, dépôt et organisation des fichiers dans l’architecture de données,suivi des versions logicielles et des bases de référence.
* Contribuer à la conception et à l’évolution de la base de données dédiée aux données protéomiques.
* Mettre en place des outils de suivi et de contrôle qualité des données, avec enregistrement d’indicateurs dans la base centrale.
* Produire les logs, métadonnées et la documentation technique nécessaires à la traçabilité et à l’assurance qualité.
* Participer aux réunions de coordination avec les bioinformaticiens de l’IHU et la plateforme de protéomique.

Spécificité(s) et environnement du poste :

* Poste au sein de l’IHU Immun4Cure, fondation hébergée par la Fondation Inserm, labellisée France 2030.
* Environnement scientifique pluridisciplinaire associant recherche fondamentale, clinique et innovation technologique.
* Collaboration étroite avec : la plateforme de séquençage en cellules uniques, la plateforme IMGT, les bioinformaticiens et informaticiens de l’IHU.