Contexte et laboratoire
Dans le cadre du consortium Paris Kids Cancer, un projet transversal est financé, visant à construire et caractériser un atlas cellulaire des cancers pédiatriques basé sur la transcriptomique en cellules uniques, ainsi qu’à explorer les relations entre le développement, les cellules immunitaires et le phénotype des cellules tumorales. Pour prendre en compte à la fois l’hétérogénéité intra-tumorale (au sein des tumeurs) et l’hétérogénéité inter-tumorale (entre les patients), le projet intégrera dans un premier temps des données de séquençage ARN en cellule unique (single-cell RNA-seq) provenant de cellules tumorales issues de plusieurs types de cancers pédiatriques, afin d’étudier les points communs et les relations entre les réseaux transcriptionnels et de signalisation.
Les données issues des cellules tumorales seront comparées à des atlas de cellules normales au cours du développement, déjà publiés et/ou générés dans le cadre du programme PKC. Toutes les populations non malignes seront intégrées à partir des données disponibles sur les cancers pédiatriques, afin d’explorer les similarités et les différences entre les diverses populations du microenvironnement tumoral, avec un fort accent mis sur les cellules immunitaires. La caractérisation des interactions entre les états spécifiques des cellules tumorales et les différentes populations de cellules immunitaires sera ensuite réalisée à l’aide d’outils appropriés.
A l’issue du projet, un atlas pan-cancer pédiatrique ainsi que des atlas spécifiques à certains types de tumeurs seront mis à disposition via un serveur Web dédié. Ces différents atlas des cancers pédiatriques constitueront une ressource d’un grand intérêt pour l’ensemble des équipes du consortium PKC et pour la communauté scientifique s’intéressant aux cancers de l’enfant.
Ce projet offre une opportunité unique de contribuer à la compréhension de l’initiation tumorale et de la progression des cancers pédiatriques. L’aspect collaboratif du projet et les interactions avec les différentes équipes du consortium PKC permettront de créer un environnement hautement synergique. Deux bio-informaticiens seront recrutés pour le projet, l’un basé à l’Institut Curie et l’autre à Gustave Roussy.
Missions
Le·la candidat·e devra :
* Participer activement au développement d’un pipeline d’analyse commun afin d’obtenir des tables de comptage robustes à partir des données brutes de transcriptomique en cellules uniques.
* Exécuter ce pipeline d’analyse sur différents jeux de données de RNA-seq en cellules uniques, produits en interne, par d’autres équipes du consortium PKC, ainsi que sur des jeux de données publiés ou externes.
* Utiliser et/ou développer des méthodes et stratégies pour explorer les données, en étroite collaboration avec les biologistes. Un aspect clé sera l’intégration de données filtrées afin d’analyser les phénotypes des cellules tumorales, d’étudier leurs liens avec les cellules normales du développement, et de caractériser les populations non malignes du microenvironnement tumoral.
* Participer activement à la préparation d’un serveur Web dédié pour le partage des différents atlas.
* Présenter ses travaux lors des réunions d’équipe.
Le·la candidat·e sera encadré·e par les chercheurs responsables du projet PKC d’atlas pan-pédiatriques à l’Institut Curie (Dr Isabelle Janoueix-Lerosey et Dr Joshua Waterfall).
Le projet sera mené en étroite collaboration avec les chercheurs responsables du projet à Gustave Roussy (Dr Thomas Mercher et Dr Florent Ginhoux). Il·elle bénéficiera d’échanges quotidiens avec des spécialistes des cancers pédiatriques et des biologistes computationnels expérimentés.
En outre, le·la candidat·e aura l’opportunité d’interagir avec la communauté bio-informatique élargie de l’Institut Curie via le Hub Bio-informatique de l’Institut.
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