Ingénieur de recherche en analyse de données biologiques (h/f)

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Ingénieur de recherche en analyse de données biologiques (H/F)


Date Limite Candidature : lundi 2 juin 2025 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur de recherche en analyse de données biologiques (H/F)
Référence : UMR9002-SOFKOS-054
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : lundi 12 mai 2025
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 novembre 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : à partir de 3146 € bruts mensuels, ajustable selon experience
Niveau d'études souhaité : BAC+5
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : E - Informatique, Statistiques et Calcul scientifique
Emploi type : Chef-fe de projet ou expert-e en Ingéniérie logicielle


Missions

L’ingénieur ou l’ingénieure aura en charge le développement et l’enrichissement de graphes de connaissances en immunogénétique, notamment par l’extension des graphes IMGT-KG et IMGT/mAb-KG. Il ou elle assurera la modélisation ontologique, l’intégration de nouvelles entités, l’alignement sémantique et la définition de règles logiques. La personne appliquera des méthodes de machine learning et de NLP sur des données omics et des graphes sémantiques, et développera des outils d’analyse et de visualisation adaptés aux données complexes d’immunoinformatique. Elle participera à la maintenance et à l’évolution des bases de données IMGT (TripleStore, Neo4J) et des outils web associés, tout en valorisant ses travaux par des publications scientifiques et des communications dans des conférences internationales.


Activités

Conception et enrichissement de graphes de connaissances en immunogénétique, développement d’outils d’analyse et de visualisation, application de méthodes de machine learning sur des données omics, modélisation ontologique, et valorisation scientifique via publications et conférences.


Compétences

● Connaissances en immunogénétique : structures des immunoglobulines, TCR, MHC, applications thérapeutiques (anticorps monoclonaux).
● Web sémantique et Graphe de connaissance : création, interrogation, enrichissement.
● Connaissance de techno : SPARQL, OWL, RDF, Jena, Fuseki, Neo4J, TripleStore,
● Machine Learning : modélisation prédictive, KG embeddings, LLM et BioNLP.
● Programmation avancée : Python, librairie datascience et Machine Learning, Java, Sparql.


Contexte de travail

Les conditions de travail sont décrites dans le règlement intérieur de l'IGH.
Le site de l'IGH est disponible ici : https://www.igh.cnrs.fr/en
Le site de l'IMGT est accessible ici : https://www.imgt.org/
Pour une meilleure idée de notre thématique, n'hésitez pas à consulter la liste de nos publications, accessible ici : https://www.imgt.org/IMGTinformation/IMGTreferences.php?data=publications


Contraintes et risques

Travail sur ordinateur.

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