Thèse cifre génétique: séparation des groupes hétérotiques élite en maïs tempéré européen

Informations générales Entité de rattachement Limagrain Europe est un pur semencier guidé par de solides racines agricoles. Via sa marque internationale, LG, la société crée des solutions innovantes basées sur une offre multi-espèces commercialisée par 20 filiales et vente. LG, marque présente dans plus de 50 pays, est un des leaders européens en semences de maïs, blé, orge, colza et tournesol. Limagrain Europe, contribue chaque jour au progrès de l'Agriculture, en développant des solutions génétiques et agronomiques permettant aux agriculteurs d'atteindre une meilleure performance tout en relevant les défis environnementaux et sociétaux. Limagrain Europe est une Business Unit de Limagrain, coopérative agricole détenue par des agriculteurs français et un groupe international, 4e semencier mondial. Créateur et producteur de variétés végétales, Limagrain commercialise des semences de grandes cultures, des semences potagères et des produits agroalimentaires. Pour plus d'informations, retrouvez-nous sur : www.limagrain-europe.com Référence 2023-8444 Localisation Saint Beauzire Type de contrat Thèse Durée du contrat (en mois) 3 ans Temps de travail Temps complet Famille de métier RECHERCHE ET INNOVATION - TRAIT ET SUPPORT SCIENTIFIQUE Finalité du poste Nous recherchons un(e) étudiant(e) pour un projet de thèse CIFRE sur la génétique du maïs en collaboration avec l'INRAE du Moulon. Vous aurez la responsabilité d'un projet de recherche innovant s'appuyant sur l'expertise d'équipes scientifiques publiques et privées et utilisant des données générées par les activités de sélection de Limagrain en maïs tempéré denté-denté européen depuis les années 1970. Limagrain Field Seeds Research (LFSR) est l'organisation globale de recherche pour les Grandes Cultures du groupe coopératif international agricole Limagrain. LFSR est centrée sur le progrès génétique des plantes et sur l'excellence des technologies et techniques de sélection afin de produire les meilleures semences de grandes cultures pour répondre aux besoins des agriculteurs du monde et de l'ensemble de la chaîne agroalimentaire. L’UMR Génétique Quantitative et Évolution-Le Moulon accueille des chercheurs de plusieurs établissements de recherche et de l’enseignement supérieur : INRAE, Université Paris-Saclay, CNRS et AgroParisTech. GQE-Le Moulon travaille sur l’évolution et la génétique quantitative chez les plantes, et constitue un pôle de formation important dans ces domaines. L’équipe d’accueil (GQMS) conduit des travaux novateurs en Génétique Quantitative pour développer de nouvelles méthodes de sélection chez les végétaux, en intégrant les avancées technologiques (phénotypage et génotypage haut débit). Vos Missions LE CONTEXTE: La sélection maïs moderne s’est organisée en créant des hybrides entre lignées sélectionnées dans des groupes génétiques complémentaires (groupes hétérotiques), créés à partir d’un matériel initial très divers et peu différencié. Cette séparation en groupes complémentaires permet la production d’hybrides inter-groupes qui valorisent le phénomène d’hétérosis (avantage de l’hybride par rapport à ses parents), important chez le maïs. Les deux principaux groupes au niveau mondial et en France sont les « stiff-stalk » et « non stiff-stalk » (Cooper et al. 2014, Coffman et al. 2019, Reif et al. 2005). Le groupe Iodent s’est individualisé plus tard au sein des non « Stiff Stalk ». Néanmoins, du fait de l’historique de sélection, des transferts de fragments génétiques entre ces groupes hétérotiques ont pu se produire. Les données disponibles aujourd’hui, issues de la recherche publique et des données de sélection interne Limagrain permettent de mieux comprendre le niveau exact de séparation des groupes génétiques et d’évaluer quels en sont les enjeux au niveau de l’hétérosis. LES MISSIONS: Le projet est organisé avec une année au sein du Centre de Recherche de Limagrain puis 2 années à Saclay en région parisienne dans une équipe INRAE avec le plan de travail suivant : 1) Etude de l'évolution de la diversité au sein des pools Stiff Stalk et Non Stiff Stalk de Limagrain, à partir de données interne Limagrain et de méthodes déjà disponibles 2) Etude de l'effet de la consanguinité résiduelle des hybrides intergroupes sur la performance et l'ASC. Exploitation des résultats du 1) avec des données expérimentales générées par les programmes de sélection de Limagrain. 3) Déterminants de l'hétérosis Localisation de régions significativement associés à l'hétérosis En d’autres termes, il s’agit de : - identifier des indicateurs de séparation / « pureté » des groupes génétiques, en fonction de la proportion du génome ou de fragments spécifiques propres à chaque groupe hétérotique - évaluer l’impact d’un « manque » de séparation des groupes génétiques sur la performance des hybrides. Il s’agira d’évaluer l’impact des fragments communs entre groupes hétérotiques, pour le prendre en compte dans le processus de sélection des lignées et des hybrides - comprendre les composantes de l’hétérosis mises en jeu et proposer une stratégie de validation et de valorisation des résultats dans un programme de sélection Dans ce contexte vous serez amené à collaborer avec des équipes réparties dans de nombreux pays. Vous participerez pleinement à l'émulation scientifique au sein du groupe Limagrain en général et de la branche grandes cultures en particulier. Vous serez intégré à l’équipe support scientifique sélection maïs et bénéficierez d’un environnement scientifique stimulant et d’accès aux ressources de l’entreprise (expertise, algorithmes, capacité de calcul). Compétences : ce que nous attentons de vous Vous êtes issu d'une formation de niveau Master ou équivalent en Statistiques, Génétique Quantitative, Sélection Animale ou Végétale. Vous êtes familier avec le traitement de données de grandes dimensions, des langages et outils scientifiques (écosystème R indispensable). Créatif et innovant, rigoureux et organisé, vous avez la capacité de gérer des projets de recherche de la conception à la conclusion, incluant l'organisation et la planification des opérations, mener les analyses statistiques, interprétation des résultats de recherche et partage des conclusions. Vous aimez travailler dans une équipe pluridisciplinaire, multiculturelle et internationale et avez de bonnes qualités relationnelles et de communication. Vous maitrisez parfaitement l'anglais oral et écrit. Une connaissance des aspects pratiques de la sélection végétale appliquée serait un plus. Rejoindre nos équipes Limagrain Europe, c'est bénéficier d'opportunités de croissance et de développement professionnel au sein d'un environnement de travail dynamique et collaboratif. C'est avoir la chance de contribuer à des recherches de pointe pour contribuer à l'agriculture de demain. C'est travailler au sein d'un environnement diversifié et inclusif où l'innovation, la créativité et la collaboration sont encouragées et valorisées. Références : Cooper M., C. D. Messina, D. Podlich, L. R. Totir, A. Baumgarten, et al., 2014 Predicting the future of plant breeding: complementing empirical evaluation with genetic prediction. Crop Pasture Sci. 65: 311. https://doi.org/10.1071/CP14007 Coffman S. M., M. B. Hufford, C. M. Andorf, and T. Lübberstedt, 2019 Haplotype structure in commercial maize breeding programs in relation to key founder lines. 133:547-561 Theor. Appl. Genet. https://doi.org/10.1007/s00122-019-03486-y Reif J. C., A. R. Hallauer, and A. E. Melchinger, 2005 Heterosis and heterotic patterns in maize. Maydica 50: 215–223. Société LIMAGRAIN EUROPE SAS Contrat local Contrat local uniquement Localisation du poste Europe, France, Auvergne, Puy de Dôme (63) Lieu 28 Rte d'Ennezat, 63720 Chappes, France Critères candidat Niveau d'études min. requis Doctorat ou équivalent Niveau d'expérience min. souhaité jeune diplômé Langues Français (3 - Opérationnel) Anglais (4 - Courant)