Description du Poste Les Missions Nous recrutons un ingénieur (H/F) en bioinformatique (ou biologie structurale computationnelle) pour travailler sur un projet à l’interface de la microbiologie, de la biologie structurale et de la bioinformatique. Ce projet concerne le complexe membranaire du système de sécrétion de type VI (T6SS), et vise à étudier son intégration dans l’enveloppe bactérienne ainsi que son impact sur la physiologie cellulaire.La mission principale consistera à analyser et intégrer des données protéomiques (notamment issues de spectrométrie de masse top-down) et des prédictions structurales (AlphaFold) afin de caractériser les réseaux d’interactions protéiques impliqués dans l’assemblage et le fonctionnement du T6SS. L'Activité - Exploitation de prédictions structurales (AlphaFold) pour caractériser les interactions protéine–protéine et les réseaux associés.- Développement d’approches bioinformatiques pour la modélisation structurale, l’analyse de réseaux (PPIN) et le data mining à grande échelle.- Analyses génomiques et évolutives pour explorer la conservation, la diversité et les co-évolutions des composants du T6SS et de leurs partenaires.- Exploitation et intégration de données protéomiques (notamment AP-MS) pour identifier les partenaires d’interaction du T6SS.- Collaboration étroite avec les équipes expérimentales pour interpréter les résultats et orienter les analyses.- Développement de pipelines reproductibles et visualisation des résultats (figures, rapports scientifiques). Votre Profil Compétences - Formation : Master ou diplôme d’ingénieur en bioinformatique, biologie computationnelle ou biologie structurale. Une expérience en analyse de données protéomiques et/ou en modélisation structurale est un plus.- Compétences techniques :1. Maîtrise de Python et/ou R pour l’analyse de données.2. Expérience avec des outils de modélisation structurale (AlphaFold) et de visualisation et analyse des modèles en 3D appréciées.3. Compétences en analyse de réseaux d'interactions protéiques (PPIN) avec le logiciel cytoscape ou python-NetworkX appréciées.4. Compétences en analyse génomique et évolutive (comparaison de séquences, phylogénie, co-évolution) appréciées.5. Utilisation de Git pour la gestion de code et des environnements reproductibles.6. Anglais lu, écrit et parlé (lecture d’articles, interactions internationales).- Qualités personnelles : Rigueur, autonomie, esprit d’initiative et capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire. Votre Environnement de Travail Le travail sera effectué à l’IGS (Laboratoire Information Génomique et Structurale), en étroite collaboration avec l’équipe VN2M (Virulence Nano-Macromolecular Machinosome) du LCB (Laboratoire de Chimie Bactérienne) dans le cadre d’un projet collaboratif déjà en cours. Au sein du LCB, l’équipe « Virulence Nano-Macromolecular Machinosome » (VN2M), dirigée par Eric Durand, étudie l’architecture et le fonctionnement de la nanomachine T6SS via des approches génétiques, biochimiques et structurales. Le laboratoire dispose d’un environnement technique complet pour la production de biomasses bactériennes et la caractérisation structurale (microscopie électronique, cristallographie, etc.).En collaboration avec l’IGS, l’ingénieur·e contribuera à des approches bioinformatiques innovantes, notamment la modélisation dynamique de complexes protéiques et l’exploration d’interactions protéine-protéine, dans un cadre stimulant et pluridisciplinaire. Le laboratoire IGS est un pionnier et un leader mondial dans l'étude des virus géants. Nous avons participé à la découverte de Mimivirus, le premier virus géants et découvert les trois autres familles connues. La force du laboratoire IGS réside dans la coexistence d'une équipe de bioinformaticiens et d'une équipe d’expérimentalistes, permettant d’aller de l'isolement de nouveaux micro-organismes à leur caractérisation complète par la combinaison d’approche incluant la génomique, la transcriptomique et de la protéomique. Le laboratoire a également une expertise forte en biologie structurale permettant de déterminer les structures 3D de protéines virales d'intérêt par cristallographie et en combinant la cristallographie et la microscopie électronique. Contraintes et risques Pour postuler au poste à l'IGS, le candidat doit envoyer son CV avec une liste complète des publications, une lettre de motivation. Rémunération et avantages Rémunération entre 2571,89 et 3817, 32 € brut /mois Congés et RTT annuels 44 jours Pratique et Indemnisation du TT Pratique et indemnisation du TT Transport Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€ À propos de l’offre Référence de l’offre UMR7256-ALASCH-001 Secteur d’activité Informatique, Statistiques et Calcul scientifique Emploi type Ingenieur en calcul scientifique (H/F) À propos du CNRS Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement. Le CNRS Les métiers de la recherche
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