Ingénieur biologiste en traitement de données (réf. rps25) f/h

Fonctions : Ingénieur-e biologiste en traitement de données
Emploi-type : A2A41
Catégorie : A
Corps : IGE
BAP : A



CDD de 1 an.



Mission : Analyse des données bioinformatiques dans l’étude VIRONMENT

Au sein de l’IPLESP/CINBIOS, le/la candidat(e) définira des pipelines de traitement de l’information obtenue à partir de tissus tumoraux et sains comme décrit dans le protocole VIRONMENT. Il s’agira de réaliser des analyses de RNAseq, à la fois en Bulk et en Single Cell, à partir de données générées en interne ainsi que de données publiques. Le/la candidat(e) sera également impliqué(e) dans l’analyse de données issues de technologies de protéomique spatiale. En étroite collaboration avec le responsable opérationnel de CINBIOS et les investigateurs, il/elle participera à l’interprétation des résultats, à la rédaction de rapports ainsi qu’à la valorisation scientifique des travaux.



Activités principales :

* Contribuer à la définition de la stratégie d’analyse des données conformément aux objectifs scientifiques
* Assurer le déroulement de l’étude d’un point de vue bioinformatique
* Organiser et centraliser le stockage des données brutes, de leur traitement et des résultats
* Réaliser ou coordonner les analyses bioinformatiques
* Participer à l’analyse des résultats bioinformatiques en collaboration avec les autres membres du projet
* Archivage des données en lien avec la réglementation en vigueur
* Participation aux réunions du Conseil Scientifique de l’étude
* Participer à la mise à jour et actualisation du projet en fonction des nouvelles données de la littérature (veille bibliographique)


Conduite de projets : Oui

Encadrement : Non


Connaissances transversales requises :

* Connaissances en biologie moléculaire avec un intérêt fort pour la recherche contre le cancer
* Maîtrise de R (et/ou Python) pour l'analyse de données et le développement d'outils
* Connaissance des approches de modélisation statistique et probabiliste
* Analyse de données omiques (RNA-seq, single-cell, spatial transcriptomique)
* Rédiger des informations relatives à son domaine d'intervention pour assurer un suivi et une traçabilité
* Rédiger et mettre en forme des notes, documents, rapports et articles scientifiques relatifs à son domaine de compétence
* S'exprimer en face-à-face auprès d'une ou plusieurs personnes
* Travailler en équipe pluridisciplinaire / en réseau
* Utiliser les logiciels d’analyses bioinformatique
* Utiliser un environnement de calcul haut débit



Savoir-faire :

* Bureautique, Base de données
* Programmation, Calcul haut débit (utilisation de HPC)
* Gestion de données, relatives à son domaine
* Expérience d’analyse de données -omique en oncologie
* Organisation et fonctionnement interne de projets de recherche
* Vocabulaire médical
* Anglais scientifique
* Éthique et déontologie médicale



Savoir-être :

* Travail en équipe
* Capacité à transmettre ses résultats à un public non spécialiste
* Autonomie dans la mise en place de pipelines bioinformatiques


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Ce poste est à pourvoir au sein de la faculté de santé



Localisation (Direction/service) :

* IPLESP / CINBIOS / CIMI – Faculté de Santé Pitié Salpêtrière