Sous la responsabilité de l'équipe recherche et développement de la plateforme d'imagerie photonique de l'institut Pasteur, UTechS Photonic Bio Imaging (PBI), il/elle travaillera sur l'analyse des données smFISH. L'objectif principal sera le développement d'un pipeline d'analyse automatisé pour segmenter les cellules à partir d'imagerie en transmission et détecter des molécules d'ARN individuelles dans les données smFISH. Un aspect important sera l'établissement d'un benchmark quantitatif des implémentations récentes de différentes méthodes de détection de points.
Activités
- Acquérir les compétences nécessaires (microscopie, smFISH).
- Discussion avec les partenaires du projet sur les besoins
- Analyse d'images d'analyse
- Communiquer avec le reste de l'équipe des résultats et développement en cours
Compétences
- Connaissance de la microscopie optique en générale
- Une bonne maîtrise en analyse d'images en Python
- Connaissances en vision artificielle et en apprentissage profond sont un plus.
- Curiosité scientifique et intérêt pour les thématiques liées à la santé publique
- Pouvoir s'intégrer à une équipe dynamique dans un milieu multiculturel et multidisciplinaire.
- Savoir communiquer en Anglais scientifique
Contexte de travail
Le poste financé par "Financement Tech Transfert France Bioimaging" est localisé au sein de la plateforme "Photonic Bio Imaging" (PBI) (https://research.pasteur.fr/en/team/photonic-bioimaging-utechs-pbi/) de l'Institut Pasteur et s'exerce en interaction avec l'équipe « Imagerie quantitative de l'ARN » dirigée par Florian Muller (https://research.pasteur.fr/fr/member/florian-muller/)
Le projet est proposé à temps partial pendant 6 mois en accord avec la planification de la conception optique par les équipes mobilisées au sein de la plateforme d'imagerie photonique.
Contraintes et risques
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Informations complémentaires
Temps partiel à 60%
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