Technicien·ne en microbiologie h/f

Vous aurez en charge :
- L'isolement de souches bactériennes présentes au sein du microbiote des plantes ;
- L'identification et le typage de ces souches par des méthodes moléculaires ;
- Le phénotypage de ces souches en culture pure in vitro et en particulier le phénotypage métabolique ;
- L'étude des interactions entre micro-organismes dans des dispositifs de confrontation in vitro et in planta ;
- La participation aux travaux de construction de communautés synthétiques ;
- L'étude du pouvoir pathogène des communautés synthétiques construites ;
- La mise en forme des résultats et leur analyse ;
Vous serez accompagné-e dans ces missions par des spécialistes en analyse des communautés microbiennes et épidémiologie végétale.

Pour mener à bien ces missions, vos activités consisteront à :
- Planifier et réaliser des expériences en microbiologie (techniques usuelles de microbiologie et de biologie moléculaire) ;
- Formaliser et actualiser l'ensemble des protocoles techniques ;
- Préparer tout ou partie de l'appareillage ;
- Appliquer et faire appliquer les règles de sécurité ;
- Gérer les stocks et les commandes courantes ;
- Participer à la formation technique des stagiaires et doctorants ;
- Suivre l'évolution des techniques du domaine d'activité.
Vous quantifierez les tailles des populations bactériennes par isolement et qPCR.
Vous utiliserez des équipements technologiques comme des séquenceurs de paillasse (MinION et MiSeq), des appareils de phénotypage du métabolisme microbien (Omnilog), des automates de pipetage et de suivi de croissance à haut débit des micro-organismes (EpMotion et MilliDrop) ainsi que les dispositifs de phénotypage des interactions plante-microorganismes disponibles sur la plateforme Phenotic.
Vous interagirez également avec le CIRM-CFBP (Collection française des bactéries associées aux plantes, plateforme IBiSA hébergée dans l'équipe) pour la conservation des souches que vous isolerez et la conservation des metadata associées.