Ce poste s’inscrit dans l’ANR 2025 GUTPOWER, qui explore l’axe microbiote–intestin–vieillissement chez un poisson récifal (poisson-clown) via des approches écologiques, cellulaires et –omiques coordonnées. Le-a post-doctorant-e devera quantifier les biomarqueurs cellulaires et moléculaires du vieillissement intestinal: dégénérescence tissulaire, réponse aux dommages de l’ADN (DDR), sénescence, intégrité de barrière, inflammation et longueur des télomères, et les intégrer avec les jeux de données microbiome/métabolome générés par nos colaborateurs ; assurer la livraison dans les délais aux besoins de la modélisation réseau/dynamique.
Activités
1. Phénotypage tissulaire : histologie sur coupes paraffinées d’intestin et de tissus distants aux différents stades de vie ; quantification de la dégénérescence, de p53, des dommages à l’ADN, de la prolifération et de la sénescence.
2. Marqueurs de vieillissement & d’inflammation : SA-β-Gal, p16, p21 ; intégrité de barrière intestinal (claudin-2, ZO1, smurf assay) ; transcrits pro-inflammatoires (tnfα, il6, il1β, ifn1, isg15) par RT-qPCR/RNA.
3. Dommages à l’ADN & infiltration immunitaire : panels IF/IHC pour γH2AX, 53BP1 (dommages), PCNA (prolifération), L-plastin/Mpx (cellules immunes) ; analyse quantitative d’images (ImageJ).
4. Biologie des télomères : Southern blot TRF (toutes classes d’âge) pour dériver un index de longévité/âge biologique basé sur les télomères.
5. Signalisation p53/ATM-Chk2 : profils Western blot et statut phospho selon protocoles établis.
Compétences
Nous recherchons un Ingénieur-e de Recherche (de préférence titulaire d'un doctorat) très motivé-e et désireux.se d'intégrer des connaissances allant de la biologie moléculaire et cellulaire à la biologie du vieillissement. Particulièrement :
• Solide bagage en biologie du vieillissement (focalisation intestinale appréciée), DDR, sénescence et inflammation.
• Maîtrise pratique d’au moins deux techniques : IHC/IF multiplexe, histopathologie, Western blot, RT-qPCR, Southern blot télomérique.
•Compétences en analyse d’images (ImageJ/Fiji) et en statistiques.
• Pratique rigoureuse pilotée par SOP (traçabilité des réactifs/anticorps, documentation)
• Excellentes qualités en anglais
• Expérience avec les marqueurs d’intégrité de barrière (p. ex. claudin-2, ZO1, smurf assay) et les marqueurs de cellules immunes (L-plastin, Mpx).
• Familiarité avec une intégration multi-omique de premier niveau (métatranscriptomique, métabolomique) et la curation de données pour la modélisation.
• Expérience sur tissus de téléostéens (en particulier le poisson zèbre) appréciée mais non obligatoire.
Contexte de travail
Le projet s’appuie directement sur nos travaux antérieurs chez le poisson zèbre, où nous avons établi le modèle de vieillissement prématuré déficient en télomérase et montré que des télomères courts dans des tissus clés initient un vieillissement local et systémique (Carneiro et al., PLoS Genetics 2016). Nous avons également démontré que la ré-expression intestin-spécifique de la télomérase contrecarre le vieillissement systémique, et précisé les signatures p53/DDR associées aux dommages liés aux télomères (El Maï & Ferreira, Nature Aging 2023). Ces acquis et protocoles (histologie/IHC-IF pour DDR et sénescence, lectures inflammatoires, mesure de la longueur des télomères) constituent la référence conceptuelle et méthodologique chez le poisson-clown, permettant une comparaison inter-espèces des biomarqueurs du vieillissement intestinal et de leurs corrélats microbiens.
Le projet s’appuie directement sur nos travaux antérieurs chez le poisson zèbre, où nous avons établi le modèle de vieillissement prématuré déficient en télomérase et montré que des télomères courts dans des tissus clés initient un vieillissement local et systémique (Carneiro et al., PLoS Genetics 2016). Nous avons également démontré que la ré-expression intestin-spécifique de la télomérase contrecarre le vieillissement systémique, et précisé les signatures p53/DDR associées aux dommages liés aux télomères (El Maï & Ferreira, Nature Aging 2023). Ces acquis et protocoles (histologie/IHC-IF pour DDR et sénescence, lectures inflammatoires, mesure de la longueur des télomères) constituent la référence conceptuelle et méthodologique chez le poisson-clown, permettant une comparaison inter-espèces des biomarqueurs du vieillissement intestinal et de leurs corrélats microbiens.
Contraintes et risques
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