Ingénieur d’étude en bioinformatique (h/f)

Vos missions en quelques mots Missions : La mission consistera à analyser des données métagénomiques (shotgun) à l'aide de divers outils bioinformatiques. À l'aide de notre cluster de calcul, la personne recrutée réalisera des analyses bioinformatiques afin d'identifier, de caractériser et de quantifier : (i) les communautés microbiennes, et (ii) les gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) au niveau des lectures de séquençage, des assemblages et des génomes reconstitués (MAGs). À partir de ces analyses, la personne recrutée devra détecter et semi-quantifier les bactéries pathogènes et les ARG et devra relier ces résultats à des facteurs environnementaux et les analyser statistiquement. Activités : identifier, caractériser et quantifier : - les communautés microbiennes, - les gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) au niveau des lectures de séquençage, des assemblages et des génomes reconstitués (MAGs). Contexte de travail : Le concept « One Health » part du principe que les écosystèmes sont interconnectés et que l'apparition d'une pollution à un endroit peut avoir des répercussions sur la santé des organismes présents ailleurs. La santé est donc une préoccupation mondiale, et les activités humaines (hospitalières, industrielles, agricoles) doivent veiller à réduire la présence d'agents pathogènes humains et animaux avant qu'ils ne se propagent dans l'environnement. En effet, les communautés microbiennes colonisant les résidus issus des activités agricoles peuvent servir de réservoirs à des bactéries fécales porteuses de gènes de résistance aux antibiotiques (ARG). Le compostage constitue un procédé efficace pour dégrader ces résidus. Notre projet vise à comparer les communautés bactériennes et la fréquence des ARG dans deux types de traitements (avec et sans compostage). Nous avons donc extrait l'ADN des fumiers et séquencé avec une méthode de métagénomique « shotgun », pour les différentes conditions. la personne recrutée travaillera avec des scientifiques (bioinformaticiens et expérimentateurs) de l'UMR MIVEGEC (Juliette Hayer, Jacques Dainat et Rémy Froissart). Notre équipe dispose déjà d'une solide expérience en bio-informatique et les infrastructures sont déjà en place. Profil recherché Competences : • métagénomique non ciblée appliquée à des échantillons environnementaux/complexes, • bonnes compétences en bash, python, R, Nextflow est un plus. • bonnes connaissances en bio-informatique et en biostatistique • aptitudes à la communication : lecture d'articles en anglais, présentations orales, bons cahiers de laboratoire • capacité à travailler en équipe • curiosité, esprit d'initiative Contraintes et risques : aucune Niveau d'études minimum requis Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie) Langues Français Seuil