Ingénieur / ingénieure de recherche scientifique (h/f)

Mission :
À l'IGMM, notre groupe Réseaux intégratifs des ARNs dans le développement s'intéresse à l'étude de la fonction des facteurs de transcription (FT) dans la biogénèse des ARNm et sa contribution à l'identité cellulaire. Ce projet financé par l'AFM Téléthon (projet ISOFHORM) vise à redéfinir le rôle des facteurs de transcription dans la morphogénèse musculaire. Le projet consiste à cartographier les réseaux d'épissage régulés par Ultrabithorax (Ubx), un facteur de transcription Hox de drosophile et à déterminer sa fonction isoforme-spécifique au cours du développement du muscle embryonnaire de drosophile.
L'ingénieure ou ingénieur aura en charge un projet basé sur la détection, l'analyse et la validation de profiles d'épissage et d'isoformes régulés par Ubx au cours du développement du muscle embryonnaire. Cela consiste en l'établissement de protocoles pour la purification d'ARN compatible en séquençage Illumina (short-read) et nanopore (long-read), puis l'analyse de profiles d'épissage et d'isoformes par transcriptomique (bioinformatique) ainsi que la validation fonctionnelle de ces isoformes (génétique) au cours du développement musculaire, et ce de manière indépendante (60%).
La personne apportera un support sur la biologie moléculaire et biochimie de complexes protéine-ARN in vitro (20%).
La personne contribuera à l'établissement et maintenance de lignées de drosophiles (10%) et à la veille des protocoles et la gestion des stocks de l'équipe (10%).
Contrat initial de 6 mois, avec possibilité de renouvellement.

Activités :
Effectuer des expériences in vivo chez la Drosophile
-Entretenir des lignées et croisements, embryon collections, fixation, immunomarquage et microscopie confocale
-Mettre en place un protocole de purification biochimique d'ARNs nucléaires pour l'analyse de transcriptomes différentiels à partir de muscle embryonnaire de drosophile par séquençage Illumina (short-read) et Nanopore (long-read)
-Valider des cibles par méthodes alternatives (qPCR, smFISH, expression exogène d'isoformes)
Effectuer des expériences in vitro
-Appliquer des techniques de clonage, biochimie des protéines et ARNs (SDS-PAGE, WBlot, RT-qPCR, RNA-IP)
Effectuer des analyses bioinformatiques
-Développer et implémenter les outils bioinformatiques en collaboration avec les plateformes et collaborateurs
-Analyser les profils d'épissage à partir de data de séquençage Illumina (short-read) et Nanopore (long read)
-Réaliser des analyses informatiques de données incluant les analyses statistiques

Responsabilités
-Choisir et adapter des technologies en fonction des objectifs discutés en amont
-Développer et rédiger des protocoles et des rapports structurés en anglais
-Traiter et analyser les données, mettre en forme les résultats pour leur présentation en anglais
-Transmettre ses connaissances et compétences dans son domaine d'étude
-Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations et de publications en anglais
-Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité