Post-doctorant (h/f)

Vos missions en quelques mots Missions : Le.la post-doctorant (e) aura pour mission de : • Réaliser des simulations à l’aide du logiciel DILS afin de produire des inférences démographiques sur les scénarios de divergence entre deux populations, cultivée et sauvage, chez 14 espèces végétales • A partir de ces simulations, détecter les gènes sous sélection dans les formes cultivées et sauvages • Produire des estimations du taux d’autofécondation à partir des données génomiques chez 14 espèces végétales • Achever la rédaction d’un article autour de ces résultats Activités : Analyse des barrières à la reproduction entre formes sauvages et domestiques chez 14 espèces végétales Contexte de travail : Repenser de nouvelles stratégies qui atténueront les impacts des changements climatiques est une priorité pour l’agriculture. Contrairement aux formes cultivées et entretenues par l'homme, les plantes sauvages apparentées aux cultures sont confrontées à des défis continus dans leur environnement naturel et présentent une diversité génétique supérieure à celle des formes cultivées. Elles constituent ainsi un réservoir inexploité d'allèles, qui pourrait être utilisé pour augmenter la capacité adaptative des espèces cultivées. Elle est cependant conditionnée par les compatibilités de croisements entre les formes sauvages et domestiques et la fertilité des descendances qui en résultent. Le projet vise à caractériser l'étendue et la nature moléculaire des barrières reproductives entre ces formes, et à étudier les processus évolutifs sous-jacents. Nous avons sélectionné 14 systèmes sauvages/domestiques représentant un continuum de divergence afin d'entreprendre une approche comparative. Les données génomiques sont disponibles. Nous avons effectué des analyses de génomique des populations : détection de locus barrière entre formes sauvages et domestiques et de balayages sélectifs intra-formes. Cependant, les inférences démographiques réalisées avec l’outil RIDGE ne permettent pas d’obtenir des seuils de détection satisfaisants pour les balayages sélectifs. Ce poste post-doctoral a pour objectif de reprendre les simulations avec un autre outil, DILS, et de refaire une recherche de traces de sélection à partir des nouveaux seuils de détection obtenus. Par ailleurs, nous utiliserons les données génomiques pour estimer les taux d’autofécondation dans chacune des formes. Ces nouveaux résultats devront être intégrés à un article en cours de rédaction. Le (la) candidat(e) sera accueilli(e) au laboratoire GQE Le Moulon et encadré par Maud Tenaillon, en collaboration étroite avec Yves Vigouroux, Catherine Dogimont et Sylvain Glémin. Profil recherché Competences : Le.la candidat(e) devra posséder un doctorat en génétique des populations avec une expertise en génomique et statistiques/biostatistiques appliquée à la biologie évolutive. Une solide expérience en programmation sous R, en gestion de grands jeux de données, en visualisation des données, ainsi qu’une bonne maîtrise des outils de versioning sont requises. Des connaissances sur la domestication des plantes seront un fort atout. Contraintes et risques : NA Niveau d'études minimum requis Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents Spécialisation Formations générales Langues Français Seuil