RESPONSABILITÉS : L'alternant aura pour mission l' évaluation de l'intégrité des acides nucléiques viraux comme indicateur d'infectivité. La surveillance environnementale des virus entériques et respiratoires (norovirus, SARS-CoV-2, adénovirus) repose actuellement sur la RT-qPCR ou RT-dPCR, sans distinguer particules infectieuses intactes et fragments inactifs, ce qui surestime le risque sanitaire. Les méthodes actuelles compliquent l'interprétation des signaux dans les eaux usées, surfaces ou filières de traitement. L'évaluation de l'intégrité des capsides virales a amélioré les analyses, mais reste limitée. Une approche innovante introduit la RT-dPCR multiplexée pour quantifier la fragmentation des génomes viraux. Elle mesure la distance entre amplicons, définissant un indice FS50 (taille de fragment où 50% des génomes restent intacts). Objectifs de la mission Transposer la (RT)-dPCR à norovirus GI/GII et/ou adénovirus ; Corréler l'index avec des données d'infectivité (cultures, désinfection) ; Intégrer l'index dans les QMRA pour une gestion réaliste des risques en eaux potables, baignade ou rejets STEU. Perspectives Définir des seuils d'intégrité pour alerter sur des mesures de gestion sanitaire PROFIL RECHERCHÉ : Le ou la candidat(e) recherché(e) est titulaire d'un Master 2 en microbiologie environnementale, écologie microbienne, biologie moléculaire ou en sciences de l'eau. Une solide maîtrise des techniques de biologie moléculaire (PCR quantitative et/ou digitale, séquençage haut débit) est indispensable. Une appétence pour la bio-informatique (analyse de données de métagénomique, traitement de données NGS) et une connaissance du l'interface R sont un plus. Une sensibilité aux enjeux de santé publique liés à la qualité de l'eau, ainsi qu'une capacité à travailler en interface entre laboratoire et terrain, seront fortement valorisées. Des compétences pour la modélisation du risque microbiologique (QMRA) constitueront un atout supplémentaire. Le projet requiert également de la rigueur scientifique, un sens de l'autonomie, une aptitude à travailler en équipe et une bonne capacité de communication écrite en français. La lecture de l'anglais est indispensable pour la recherche bibliographique.
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