Responsable plateforme analyse de données et d’images

À propos de nous

Le Collège de France est un grand établissement public d’enseignement supérieur et de recherche. Institution unique en France et sans équivalent à l’étranger, le Collège de France répond à une double vocation : être à la fois le lieu de la recherche la plus audacieuse et celui de son enseignement. Voué à la recherche fondamentale, le Collège de France possède cette caractéristique singulière : il réalise puis enseigne « le savoir en train de se constituer dans tous les domaines des lettres, des sciences ou des arts ». Situé sur différents sites de Paris (place Marcelin Berthelot, rue du Cardinal Lemoine, rue d’Ulm, Belle Gabrielle) l’établissement héberge un millier de personnes : enseignants-chercheurs, chercheurs, doctorants et post-doctorants, ingénieurs et techniciens, bibliothécaires, administratifs. Le Collège de France est membre associé de l'Université Paris Sciences et Lettres (PSL).

Environnement de travail

La Plate-forme Orion, située au sein du collège de France, regroupe les activités technologiques mutualisées du Centre Interdisciplinaire de Recherche en Biologie (CIRB), unité INSERM 1050, UMR CNRS 7241.

La plate-forme Orion est constituée de 5 axes : microscopie photonique, cytométrie, histologie, microscopie à force atomique, analyses de données et d’images.


Mission

Activités principales

- Définir en collaboration avec les utilisateurs de la plate-forme, une stratégie de traitement et d’analyse des données

- Mettre en œuvre la stratégie retenue en utilisant les logiciels du domaine et en proposant en collaboration avec les équipes des solutions de traitement et d’analyse à façon



- Développer les boites à outils logiciels nécessaires à la réalisation de l’analyse

- Former en expert les utilisateurs et collaborateurs de la plate-forme aux technologies mises à disposition

- Rédiger les notes techniques et les tutoriaux relatifs aux méthodes de traitement et d’analyse d’images et aux ressources logicielles disponibles

- Conseiller les utilisateurs sur les possibilités techniques, leurs limites, les méthodes d’analyse, leur interprétation, et en assurer le suivi

- Participer à la gestion des moyens techniques, humains et financiers alloués

- Organiser et contrôler l’utilisation collective de l’appareillage et des postes de travail

- Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d’activité

- Assurer l’application des principes et des règles d’hygiène et de sécurité



Compétences

- Utiliser en expert les logiciels dédiés au traitement et à l’analyse des images (Matlab ,Imaris, Fiji, Icy, Napari, Qpath)

- Maîtriser les langages de programmation Python, MATLAB, Java, C/C++.

- Expérience ou formation avancée en Machine Learning : Apprentissage supervisé, classification, CNN (convolutional neural network)

- Maîtriser au moins un des frameworks de deep learning (OpenCV, Scikit, TensorFlow ou Pytorch)

- Bonne connaissance des méthodes conventionnelles d’analyse d’images (algorithmes de segmentation, du suivi des objets, de la reconnaissance des formes.

- Connaissance générale des bases de données images et de leur mise en place sur serveur OMERO

- Maîtriser le développement de plugins sous Fiji/ImageJ, QuPath.

- Maîtriser l’environnement Linux



Connaissances

- Biologie : méthodologie appliquée (connaissance générale)

- Environnement et réseaux professionnels (connaissance générale)

- Réglementation en matière d’hygiène et de sécurité

- Cadre légal et déontologique

- Langue anglaise : C1



Compétences comportementales

- Capacité de raisonnement analytique

- Créativité / Sens de l’innovation




Profil

Poste réservé aux contractuels,

Catégorie A - Ingénieur de recherche



Modalités de candidature

Le dossier de candidature, constitué des documents suivants :

- Une lettre de motivation

- Un curriculum vitae précisant l’employeur et la situation statutaire



Il doit être adressé dans un délai de 1 mois suivant la publication à la Direction des Ressources Humaines