Doctorant en biochimie et microbiologie h/f

Titre

Étude des mécanismes moléculaires de recrutement des substrats par le système de sécrétion de type IV par des approches multidisciplinaires

Contexte et objectifs de la thèse

Les systèmes de sécrétion de type IV (T4SS) sont des nanomachines bactériennes responsables du transfert de plasmides conjugatifs et de la sécrétion d'effecteurs dans les cellules hôtes. Ils jouent un rôle central dans la propagation de l'antibiorésistance et dans de nombreux processus pathogéniques.
Ce projet doctoral vise à élucider les mécanismes moléculaires de recrutement et de sécrétion par le T4SS, en combinant quatre approches complémentaires :
1. analyse bio-informatique des interactions protéine-protéine (PPI),
2. microbiologie (clonage génétique et essais fonctionnels de sécrétion),
3. biochimie (production et purification de complexes protéiques),
4. biologie structurale (cryo-microscopie électronique et analyse d'images).
L'objectif final est de construire un modèle mécanistique du recrutement des substrats par le T4SS, de le tester par des essais fonctionnels, puis de le valider par des approches structurales.

Missions principales

- Réaliser des constructions génétiques (clonage, mutagenèse, validation par séquençage) et des essais fonctionnels de sécrétion bactérienne.

- Produire et purifier des complexes protéiques de T4SS et de leurs partenaires pour analyses biochimiques et structurales.

- Contribuer à la préparation d'échantillons pour la cryo-EM et participer à l'analyse d'images structurales (formation assurée).

- Interagir avec le doctorant spécialiste en bio-informatique pour intégrer les prédictions de PPI dans la stratégie expérimentale.

- Présenter les résultats (réunions d'équipe, congrès) et participer à la rédaction des publications scientifiques.

Profil recherché

Diplômes : Master 2 ou diplôme équivalent en microbiologie, biologie moléculaire, biochimie, ou disciplines proches.

Compétences essentielles :
- Maîtrise du clonage moléculaire et des techniques de microbiologie,
- Expérience en purification et analyse de complexes protéiques.

Compétences appréciées :
- notions de bio-informatique
- bases en biologie structurale, en particulièrement en cryo-microscopie électronique.

Qualités attendues : curiosité, motivation, rigueur scientifique, autonomie, sens de l'organisation, capacité à travailler en équipe dans un environnement interdisciplinaire.

(Offre de thèse sous réserve du montage financier)
Contexte de travail
Le doctorant intégrera le groupe T4-SECRET (https://igdr.univ-rennes.fr/en/t4-secret-group-kevin-mace), jeune et dynamique, spécialisé dans l'étude structurale et mécanistique des systèmes de sécrétion de type IV (T4SS).
Le laboratoire dispose de l'ensemble des équipements nécessaire à la réalisation du projet, incluant l'équipement de base en microbiologie (L1 et L2) et en biochimie (AKTA pure), des stations de calcul GPU pour l'analyse bio-informatique à grande échelle, un microscope cryo-EM récemment installé à l'institut, ains qu'un accès privilégié à des infrastructures de pointe : cryo-EM Titan Krios (ESRF, Birkbeck), plateforme de protéomique Protim, supercalculateur HPC Jean-Zay (GENCI).
Contraintes et risques
Les manipulations seront réalisées en laboratoire de niveau de biosécurité 1 (BSL-1), exclusivement avec des microorganismes non pathogènes. Aucun risque particulier n'est associé au projet.