Developpement de package r et d’interface shiny

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Developpement de package R et d’interface shiny

Date de prise de poste : 1 janvier 2025

La Plateforme d'Exploration du Métabolisme (PFEM) est une plateforme de spectrométrie de masse (MS) dédiée aux études de métabolisme, reconnue nationalement comme à l’international, notamment dans le domaine de la métabolomique appliquée à la nutrition et à la santé. Sa composante métabolomique s’inscrit au sein de l'Unité de Nutrition Humaine (UNH) de l’Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE). Les intérêts de recherche de la PFEM concernent le développement de méthodes analytiques basées sur la MS ainsi que d'outils bio-informatiques, le tout dans le but notamment de permettre une meilleure caractérisation des déviations métaboliques associées au développement de maladies métaboliques chroniques et l'étude des relations entre la nutrition et la santé. Ceci couvre notamment :

* l'établissement de profils métaboliques à l'aide d'approches multiplateformes dans les biofluides et les tissus ;
* le développement de stratégies analytiques pour l'identification de biomarqueurs à l'aide de MS à ultra-haute résolution et d'outils bio-informatiques ;
* le développement de modèles et d'outils pour améliorer l'extraction de connaissances à partir de données à haut débit.

Objectif du stage

La PFEM travaille actuellement à formaliser un ensemble de stratégies de traitement de données pour renforcer son offre de service pour des analyses haut-débit. Ceci inclut la possibilité de traiter les données qu’elle génère via l’interface web Galaxy (https://galaxyproject.org/), déjà utilisée pour une partie de ses analyses. L’objectif du stage est de participer à la concrétisation de cet objectif en transformant l’ensemble des algorithmes et méthodes conçus en packages open source, et en concevant une interface Rshiny pour l’utilisateur final. Concrètement, il s’agit principalement, à partir de scripts R déjà existants, de développer un package R et une interface shiny adaptés aux contraintes et ambitions de la PFEM (visualisation de résultats, conformité aux formats existants, bonnes pratiques communautaires…). Ceci inclut :

* Formalisation et conception de package, conformément aux exigences du CRAN et de Bioconductor ;
* Design et conception d’interface Rshiny ;
* Documentation de l’outil (rédaction de contenus pour utilisateurs, développeurs et communauté) ;
* Publication du package.

Il est attendu que la personne en stage fasse preuve de rigueur et d’un bon sens de l’organisation pour assurer la traçabilité (via Git) de toutes les productions et tests. Elle devra également rédiger de courts comptes-rendus d’avancement (décisions, TODO-lists, etc.).

Environnement et contexte de travail

Le stage se déroulera au sein de la PFEM, dans un institut public de recherche. La plateforme, certifiée ISO9001 et NF X50-900, est membre fondateur de l'infrastructure nationale d'excellence MetaboHUB créée en 2013. La PFEM possède une dizaine d’appareils de MS de différents types. La composante métabolomique est assurée par une équipe de quinze titulaires : neuf chimistes/analystes, deux statisticiens, deux bio-informaticiens et un informaticien.

Compétences souhaitées

* Bonne connaissance et pratique du langage R/Python.
* Capacité à comprendre raisonnablement les concepts de méthodes statistiques et l’utilisation de solutions logicielles non initialement maîtrisées.
* Motivation pour évoluer dans un environnement pluridisciplinaire (biologie, chimie, masse, informatique) et interagir avec différents acteurs.
* Rigueur, autonomie, sens de l’organisation.
* Les éléments suivants sont un plus mais non obligatoires :
o Connaissance de la conception de packages ;
o Connaissance de Bioconductor ;
o Bases en versionnement de code (Git).

Niveau de diplôme : Master 1

Procédure : Envoyer CV et lettre de motivation à : elfried.salanon@inrae.fr et contact-pfem@inrae.fr. Merci d’indiquer en objet « [candidature stage de Master] Packaging d’algorithmes ».

Offre publiée le 15 novembre 2024, jusqu'au 31 mai 2025.

#J-18808-Ljbffr