La mission du chercheur consistera à concevoir des bio-épurateurs enzymatiques capables de neutraliser des toxines de petites molécules. Il utilisera des outils de (re)conception de protéines basés sur l’intelligence artificielle et validera expérimentalement les conceptions par cristallographie des protéines.
Activités
- Développement d’un pipeline pour la conception de protéines à l’aide de logiciels existants, incluant des outils de génération de repliements, de génération de séquences et de prédiction de structures, complétés par des mesures de validation in silico.
- Application du pipeline pour (re)concevoir des bio-épurateurs enzymatiques ciblant des toxines spécifiques, incluant la création de protéines de novo ainsi que la modification de sites actifs d’enzymes existantes.
- Cristallographie des protéines pour valider le repliement et la liaison aux composés toxiques.
- Rédiger des protocoles et des articles de recherche, et diffuser les travaux lors de conférences.
- Les activités supplémentaires incluent la présentation des résultats de recherche au sein du groupe de recherche et du consortium de recherche ; la contribution à la vie en commun du groupe ; l’aide à la supervision de stagiaires ; et la participation aux événements scientifiques de l’institut.
Compétences
- Doctorat en bio-informatique, biophysique, biochimie, biologie, physique, chimie, mathématiques, informatique ou domaine connexe.
- Expérience en programmation (Python ou autre langage informatique).
- Publications avérées dans des revues scientifiques à comité de lecture.
- Niveau d’anglais (écrit/oral) minimum B2 (selon le cadre européen commun de référence pour les langues).
- Grande capacité d’autonomie.
- Sens de la communication (écrite et orale) et capacité à collaborer efficacement avec les membres de l’équipe.
- Une expérience dans un ou plusieurs des domaines suivants serait un atout : conception de protéines ou utilisation de l’intelligence artificielle pour la biologie structurale ; expression et purification de protéines ; cristallisation de protéines et cristallographie macromoléculaire.
Contexte de travail
Situé sur le Polygone scientifique de Grenoble (ESRF/ILL/EMBL/IBS), l’Institut de Biologie Structurale (IBS) est un acteur d’envergure nationale et internationale dans le domaine de la biologie structurale intégrée. A la fois centre de recherche, plateau technique, site d'accueil et de formation scientifique, l'IBS a pour vocation le développement de recherches en biologie structurale, un champ de recherche capital pour la compréhension des mécanismes biologiques fondamentaux. Il s’appuie sur 12 plateformes à la pointe de la technologie.
En tant qu’unité mixte de recherche (CEA-CNRS-UGA) l’IBS est composé de 20 groupes de recherche, chacun de ces groupes proposant une approche multi-disciplinaire, aux frontières de la biologie, de la physique et de la chimie, en cohérence avec 3 axes de recherche. Près de 320 personnes y travaillent chercheurs, doctorants, ingénieurs et techniciens dans un environnement multiculturel et international.
La personne recrutée intègrera le groupe DYNAMOP (https://www.ibs.fr/en/research/assembly-dynamics-and-reactivity/dynamics-and-kinetics-of-molecular-processes-group-m-weik/), qui étudie la structure et la dynamique des protéines par diffraction et diffusion des rayons X (statique et résolue en temps), ainsi que par spectroscopie neutronique. Le groupe DYNAMOP comprend deux équipes, dont l’équipe Serial NanoCrystallography (SNaX) qui se concentre sur la cristallisation in vivo, la cristallographie sérielle, développement d’outils pour la cristallographie aux rayons X résolue en temps (NanoPeakCell et Xtrapol8). Elle a récemment intégré des lignes de recherche en conception de protéines assistée par l’IA.
Le projet sera mené en étroite collaboration avec les autres membres de SNaX et l’équipe du Dr Florian Nachon (Institut de Recherche Biomédicale des Armées ; IRBA, Brétigny-sur-Orge, France).
Situé sur le Polygone scientifique de Grenoble (ESRF/ILL/EMBL/IBS), l’Institut de Biologie Structurale (IBS) est un acteur d’envergure nationale et internationale dans le domaine de la biologie structurale intégrée. A la fois centre de recherche, plateau technique, site d'accueil et de formation scientifique, l'IBS a pour vocation le développement de recherches en biologie structurale, un champ de recherche capital pour la compréhension des mécanismes biologiques fondamentaux. Il s’appuie sur 12 plateformes à la pointe de la technologie.
En tant qu’unité mixte de recherche (CEA-CNRS-UGA) l’IBS est composé de 20 groupes de recherche, chacun de ces groupes proposant une approche multi-disciplinaire, aux frontières de la biologie, de la physique et de la chimie, en cohérence avec 3 axes de recherche. Près de 320 personnes y travaillent chercheurs, doctorants, ingénieurs et techniciens dans un environnement multiculturel et international.
La personne recrutée intègrera le groupe DYNAMOP (https://www.ibs.fr/en/research/assembly-dynamics-and-reactivity/dynamics-and-kinetics-of-molecular-processes-group-m-weik/), qui étudie la structure et la dynamique des protéines par diffraction et diffusion des rayons X (statique et résolue en temps), ainsi que par spectroscopie neutronique. Le groupe DYNAMOP comprend deux équipes, dont l’équipe Serial NanoCrystallography (SNaX) qui se concentre sur la cristallisation in vivo, la cristallographie sérielle, développement d’outils pour la cristallographie aux rayons X résolue en temps (NanoPeakCell et Xtrapol8). Elle a récemment intégré des lignes de recherche en conception de protéines assistée par l’IA.
Le projet sera mené en étroite collaboration avec les autres membres de SNaX et l’équipe du Dr Florian Nachon (Institut de Recherche Biomédicale des Armées ; IRBA, Brétigny-sur-Orge, France).
Contraintes et risques
- Le poste proposé s’inscrit dans un projet de recherche en lien avec la sécurité nationale. De ce fait, la personne recrutée devra respecter l’ensemble des critères définis dans la convention de financement du projet.
- La recherche se fera indifféremment en français ou anglais, néanmoins il est attendu que le candidat non-francophone s'efforce d'apprendre les bases du français afin de faciliter la communication et son intégration dans le laboratoire.
- Le poste proposé s’inscrit dans un projet de recherche en lien avec la sécurité nationale. De ce fait, la personne recrutée devra respecter l’ensemble des critères définis dans la convention de financement du projet.
- La recherche se fera indifféremment en français ou anglais, néanmoins il est attendu que le candidat non-francophone s'efforce d'apprendre les bases du français afin de faciliter la communication et son intégration dans le laboratoire.
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