L'Institut Pasteur de Madagascar (IPM) est un établissement scientifique privé à but non lucratif et reconnu d'utilité publique qui a pour mission de contribuer à la prévention et au traitement des maladies par des activités de recherche, de formation et de santé publique. A ce titre, l'Institut abrite plusieurs centres ou laboratoires nationaux de référence reconnus pour leurs compétences en matière de diagnostic et de surveillance pour des maladies infectieuses d'intérêt local et régional (arboviroses, grippe, rage, poliomyélite, peste, tuberculose ...).
Afin de développer ses activités en génomique, l'unité de virologie cherche à recruter un(e) ingénieur(e) de recherche en bioinformatique. Cette offre d'emploi vise à accroître la capacité de l'unité à mieux suivre les virus endémiques et à répondre aux futures épidémies virales. Les données génomiques étant générées à un rythme sans précédent, l'unité doit développer des outils informatiques permettant le suivi des pathogènes et de leur évolution ainsi que la caractérisation de nouveaux pathogènes/variants.
Votre mission principale sera de développer et de maintenir des outils informatiques capables :
- d'identifier les agents pathogènes à partir de données de séquençage à haut débit ciblées et non ciblées, provenant des technologies Illumina et Oxford Nanopore,
- de suivre leur évolution (phylogénétique) et de surveiller l'émergence de mutations d'intérêt et d'événements évolutifs spécifiques.
Vous devrez assurer le traitement des données générées en lien avec les biologistes de l'unité. Vous effectuer une veille de la littérature scientifique et évaluer les outils publiés afin d'identifier et améliorer, si nécessaire, les outils bioinformatiques pour aider à automatiser les workflows sur diverses tâches d'analyse de routine.
Vous assurer la formation d'autres membres de l'unité et de l'institut à l'utilisation des outils de bio-informatique développés.
Enfin, vous participez à la rédaction des articles scientifiques et à des conférences.
Le poste est à pourvoir à l'Institut Pasteur de Madagascar
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