Vos missions en quelques mots Missions : Au cours de cette mission vous participerez à l’analyse bioinformatique de la dynamique du génome dans des plantes soumises à des stress environnementaux pour mieux comprendre l’adaptation des plantes au changement climatique. Activités : • Vous serez en charge de la caractérisation des variants structuraux à partir de données de séquençage Nanopore dans une population de hêtres, dans le cadre du projet PEPR "Tools for Adapt" • Vous participerez à l’assemblage de génomes de hêtre à partir de données ProméthION Nanopore et à la réalisation d'un pan-génome de la population étudiée. • Vous contribuerez à améliorer des outils et pipelines dédiés à l’analyse et à l’assemblage des ADNecc et des SV. Contexte de travail : L’équipe mixte de recherche EMR269 « MANGO » s’intéresse aux mécanismes génomiques de l’adaptation chez les plantes, il s’agit d’une équipe mixte entre l’IRD, le CNRS et l’Université de Perpignan. Elle fait partie du Laboratoire « Génome et Développement des Plantes » et est basée sur le campus de l’Université de Perpignan. L’EMR MANGO travaille sur plusieurs modèles végétaux (Arabidopsis, hêtre, riz, inule) et se caractérise par le développement de protocoles adaptés à l’utilisation des lectures longues Nanopore pour la génomique et la transcriptomique ainsi que le développement d’outils bioinformatiques dédiés. L’équipe est financée par des projets ANR ainsi que par le Labex TULIP. Profil recherché Competences : • Maitrise des outils bioinformatiques pour l'analyse des données NGS. • Expérience d’utilisation de données génomiques en lectures longues (Nanopore par exemple). Une expérience en variations structurales serait un plus. • Très bonnes capacités rédactionnelles et aisance à l’oral. • Capacités relationnelles et interculturelles. • Capacités organisationnelles. • Niveau de maitrise de l'anglais C1-C2. Contraintes et risques : Travail sur un poste informatique. Niveau d'études minimum requis Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie) Langues Français Seuil
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