Topic description
Ce projet de thèse vise à explorer l'histoire évolutive et la diversité génétique du genre Rupicapra à travers l'ensemble de son aire de répartition européenne, incluant les populations alpines, pyrénéennes et périphériques. Les travaux existants révèlent des discordances entre les marqueurs mitochondriaux et nucléaires, ainsi que des épisodes potentiels d'hybridation, mais une synthèse globale et spatio-temporelle manque encore. Le projet combine l'analyse de génomes complets contemporains (WGS) et d'ADN ancien provenant de spécimens muséaux et fossiles pour reconstruire les relations évolutives, modéliser les dynamiques démographiques et identifier les unités évolutives pertinentes pour la conservation. Le chamois de Chartreuse (Rupicapra rupicapra cartusiana) sera étudié comme cas particulier, illustrant la discordance cyto-nucléaire et l'originalité génétique au sein des populations alpines. Les résultats attendus permettront d'améliorer la compréhension des mécanismes évolutifs et démographiques du chamois en Europe, et de proposer des recommandations pour la gestion et la conservation des populations patrimoniales.
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This doctoral project will investigates the evolutionary history and genetic diversity of the genus Rupicapra across its European range, including Alpine, Pyrenean, and peripheral populations. Existing studies reveal discrepancies between mitochondrial and nuclear markers, as well as potential hybridization events, yet a comprehensive spatio-temporal synthesis is lacking. The project combines whole-genome sequencing of contemporary samples (WGS) with ancient DNA from museum and fossil specimens to reconstruct evolutionary relationships, model demographic histories, and identify conservation-relevant evolutionary units. The Chartreuse chamois (Rupicapra rupicapra cartusiana) will be analyzed as a case study, highlighting cyto-nuclear discordance and genetic uniqueness within Alpine populations. The expected outcomes will enhance our understanding of evolutionary and demographic processes shaping chamois populations in Europe and provide recommendations for the management and conservation of patrimonial populations
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Début de la thèse : 01/10/
Funding category
Public funding alone (i.e. government, region, European, international organization research grant)
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