L’ingénieur / ingénieure d’études aura pour mission de mettre en œuvre l’ensemble des analyses moléculaires associées aux projets de metabarcoding, de barcoding et de PCR quantitative (qPCR) appliqués à l’étude de la biodiversité aquatique.
La personne recrutée contribuera à la création, à l’enrichissement et à la validation de bases de références génétiques, en particulier pour les crustacés de Guyane, et participera activement au fonctionnement, à la structuration et au développement de la plateforme génomique GUYOMIQUE et à l'activité de recherche du LEEISA.
Activités
Dans ce cadre, l’ingénieur / ingénieure d’études sera impliqué(e) dans les activités suivantes :
• Concevoir, mettre en œuvre et optimiser des protocoles expérimentaux en génomique, en particulier les méthodes de laboratoire dédiées à l’ADN environnemental (ADNe) : extraction d’ADN, PCR et qPCR, préparation de librairies de séquençage et contrôles qualité.
• Assurer la réalisation des analyses moléculaires sur les échantillons d’eau pour le projet YanAqua dédié à l’inventaire par metabarcoding de l’ADNe.
• Automatiser les flux de travail de laboratoire sur automate de pipetage.
• Mettre en œuvre les bonnes pratiques de laboratoire (zones propres, prévention des contaminations, traçabilité).
• Assurer la gestion, la maintenance et le bon fonctionnement des équipements.
• Participer à la gestion des approvisionnements : demandes de devis, commande et suivi des achats.
• Rédiger les protocoles, documents qualité, rapports techniques et procédures normalisées.
• Contribuer à la formation d’étudiants, doctorants ou personnels utilisateurs de la plateforme.
Compétences
• Master en biologie moléculaire, écologie moléculaire, génétique ou disciplines associées.
• Solide expérience en biologie moléculaire et en génomique incluant la manipulation d'ADN (extraction, amplification, préparation de librairies, quantification et contrôle qualité) à partir de matrices biologiques variées, y compris échantillons complexes, anciens ou dégradés (collections naturelles, ADNe).
• Expérience en metabarcoding et/ou en approches basées sur l'ADNe.
• Expérience en prévention des contaminations dans les analyses d'ADNe (zones propres, workflow unidirectionnel) et maîtrise des règles d'hygiène et de sécurité (H&S) applicables aux laboratoires de biologie moléculaire.
• Capacité à travailler de manière autonome, rigoureuse et documentée.
• Sens de l'organisation, précision, respect des protocoles, aptitude au travail en équipe.
• Bonnes compétences rédactionnelles (protocoles, rapports).
• Expérience en gestion de plateforme, maintenance de matériel ou démarche qualité.
• La connaissance des environnements tropicaux ou des analyses de biodiversité est un plus.
Contexte de travail
Le Centre national de la recherche scientifique (CNRS) est un établissement public à caractère scientifique et technologique placé sous la tutelle du Ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche. Avec plus de 34 000 agents répartis sur l’ensemble du territoire à travers 18 délégations régionales, le CNRS mène des recherches dans tous les domaines de la connaissance. Il se distingue par une longue tradition d’excellence : dix-huit prix Nobel et onze médailles Fields ont été attribués à des chercheurs travaillant ou ayant travaillé dans ses laboratoires.
Le Laboratoire Écologie, Évolution, Interactions des Systèmes Amazoniens (LEEISA, UAR 3456), placé sous les tutelles du CNRS, de l’IFREMER et de l’Université de Guyane, est implanté sur le Centre IRD de Montabo à Cayenne. Orienté vers une approche interdisciplinaire, le laboratoire a pour ambition de comprendre les dynamiques écologiques, évolutives et sociales propres à l’Amazonie. Ses équipes mènent des recherches sur un vaste réseau de sites en Guyane (plateformes et stations en forêt, sur le littoral ou en milieu urbain) ainsi qu’à l’échelle amazonienne. L’unité rassemble environ cinquante agents aux profils variés.
La personne recrutée intégrera l’équipe du projet européen YanAqua (financement FEAMPA, 2025-2027), co-porté par le CNRS et l’IFREMER, dont l’objectif est de produire des inventaires spatialisés de la biodiversité marine de Guyane française à l’aide d’approches de metabarcoding et de PCR quantitative (qPCR) appliquées à l’ADN environnemental (ADNe). Ce projet s’inscrit dans un contexte de forts enjeux scientifiques, environnementaux et socio-économiques, et vise à améliorer la connaissance et la gestion durable des écosystèmes aquatiques côtiers.
Les activités seront menées au sein des infrastructures de la plateforme génomique Guyomique, une nouvelle infrastructure mutualisée CNRS–IRD–UG, dédiée à la recherche exploratoire en génomique de la biodiversité amazonienne et co-gérée par les UMRs AMAP et LEEISA. Celle-ci est située à Cayenne, et est en partie dédiée aux analyses de génomique environnementale.
La personne recrutée exercera ses fonctions sous la responsabilité de Jean-Baptiste Juhel (CPJ CNRS) et Jessica Garcia (CR IFREMER), co-porteurs du projet YanAqua, en lien étroit avec les responsables de Guyomique. Elle sera basée sur le site de la plateforme à Cayenne et travaillera en étroite collaboration avec ses ingénieurs, l’équipe de recherche en écologie, ainsi qu’avec les partenaires institutionnels du projet.
Pour plus d'informations, vous pouvez vous adresser aux personnes suivantes :
Jean-baptiste.juhel@cnrs.fr / pierre.alfarroba@cnrs.fr / jessica.garcia@ifremer.fr
Le Centre national de la recherche scientifique (CNRS) est un établissement public à caractère scientifique et technologique placé sous la tutelle du Ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche. Avec plus de 34 000 agents répartis sur l’ensemble du territoire à travers 18 délégations régionales, le CNRS mène des recherches dans tous les domaines de la connaissance. Il se distingue par une longue tradition d’excellence : dix-huit prix Nobel et onze médailles Fields ont été attribués à des chercheurs travaillant ou ayant travaillé dans ses laboratoires.
Le Laboratoire Écologie, Évolution, Interactions des Systèmes Amazoniens (LEEISA, UAR 3456), placé sous les tutelles du CNRS, de l’IFREMER et de l’Université de Guyane, est implanté sur le Centre IRD de Montabo à Cayenne. Orienté vers une approche interdisciplinaire, le laboratoire a pour ambition de comprendre les dynamiques écologiques, évolutives et sociales propres à l’Amazonie. Ses équipes mènent des recherches sur un vaste réseau de sites en Guyane (plateformes et stations en forêt, sur le littoral ou en milieu urbain) ainsi qu’à l’échelle amazonienne. L’unité rassemble environ cinquante agents aux profils variés.
La personne recrutée intégrera l’équipe du projet européen YanAqua (financement FEAMPA, 2025-2027), co-porté par le CNRS et l’IFREMER, dont l’objectif est de produire des inventaires spatialisés de la biodiversité marine de Guyane française à l’aide d’approches de metabarcoding et de PCR quantitative (qPCR) appliquées à l’ADN environnemental (ADNe). Ce projet s’inscrit dans un contexte de forts enjeux scientifiques, environnementaux et socio-économiques, et vise à améliorer la connaissance et la gestion durable des écosystèmes aquatiques côtiers.
Les activités seront menées au sein des infrastructures de la plateforme génomique Guyomique, une nouvelle infrastructure mutualisée CNRS–IRD–UG, dédiée à la recherche exploratoire en génomique de la biodiversité amazonienne et co-gérée par les UMRs AMAP et LEEISA. Celle-ci est située à Cayenne, et est en partie dédiée aux analyses de génomique environnementale.
La personne recrutée exercera ses fonctions sous la responsabilité de Jean-Baptiste Juhel (CPJ CNRS) et Jessica Garcia (CR IFREMER), co-porteurs du projet YanAqua, en lien étroit avec les responsables de Guyomique. Elle sera basée sur le site de la plateforme à Cayenne et travaillera en étroite collaboration avec ses ingénieurs, l’équipe de recherche en écologie, ainsi qu’avec les partenaires institutionnels du projet.
Pour plus d'informations, vous pouvez vous adresser aux personnes suivantes :
Jean-baptiste.juhel@cnrs.fr / pierre.alfarroba@cnrs.fr / jessica.garcia@ifremer.fr
Contraintes et risques
Pas de contrainte particulière.
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