Topic description
L'épizootie à l'influenza H5N1 provoque depuis une mortalité massive chez les oiseaux et mammifères marins des TAAF. Le projet ambitionne d'évaluer, à l'aide de la génomique des populations, l'évolution et les conséquences génétiques du virus sur l'éléphant de mer (Mirounga leonina), le manchot royal (Aptenodytes patagonicus), et le grand albatros (Diomedea exulans). Par l'analyses des génomes entiers de cohorte historiques et contemporaines, nous caractérisons les forces évolutives en jeux et les déterminants moléculaires associés à la vulnérabilité / résistance au virus H5N1. Nous intégrerons le polymophisme génomique, les données des traits d'histoire de vie, de démographie, d'écologie et d'épidémiologie des espèces pour modéliser les tendances évolutives et la viabilité des populations faces à l'épizootie à l'influenza H5N1 et aux autres pressions de sélection. Nous analyserons l'évolution moléculaire des gènes candidats associées à la susceptibilité ou résistance au virus par des approches phylogénomiques. Les gènes candidats les plus prometteurs seront soumis à une étude fonctionnelle de virologie moléculaire approfondie. La thèse se focalisera sur une des trois espèces en priorité et contribuera aux analyses génomiques des autres espèces.
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Since, the H5N1 influenza epidemic has caused massive mortality among birds and marine mammals in the French Southern and Antarctic Lands (TAAF). The project aims to use population genomics to assess the evolution and genetic consequences of the virus on elephant seals (Mirounga leonina), king penguins (Aptenodytes patagonicus), and wandering albatrosses (Diomedea exulans). By analyzing the entire genomes of historical and contemporary cohorts, we will characterize the evolutionary forces at play and the molecular determinants associated with vulnerability/resistance to the H5N1 virus. We will integrate genomic polymorphism, life history traits, demography, ecology, and epidemiology data for these species to model evolutionary trends and population viability in the face of the H5N1 influenza epizootic and other selection pressures. We will analyze the molecular evolution of candidate genes associated with susceptibility or resistance to the virus using phylogenomic approaches. The most promising candidate genes will be subjected to an in-depth functional molecular virology study. The thesis will focus on one of the three species as a priority and will contribute to the genomic analyses of the other species.
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Début de la thèse : 01/10/
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