Ingénieur en recherche (h/f) – culture 3d d’organoïdes à partir de tumeurs colorectales et mammaires

Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur en recherche (H/F) – Culture 3D d’organoïdes à partir de tumeurs colorectales et mammaires
Référence : UMR5305-NICAZN-003
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : LYON 07
Date de publication : mardi 8 juillet 2025
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 30 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : Entre 3175€ et 4864€ brut mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : BAC+5
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingenieure ou ingenieur biologiste en analyse de donnees

Missions

La mission porte sur le développement et la culture d’organoïdes tumoraux dérivés de patients, respectivement issus de tumeurs colorectales et de cancers du sein. Les organoïdes seront cultivés sur des supports mécano-mimétiques afin de mieux reproduire les contraintes physiques du microenvironnement tumoral, puis exploités dans un modèle in vivo alternatif basé sur l’embryon de poulet. Concernant les organoïdes mammaires, ils seront utilisés comme outil fonctionnel pour étudier la réponse tumorale aux traitements, avec l’objectif de mieux prédire l’efficacité des thérapies chez les patientes. Dans les deux projets, les organoïdes constituent une plateforme centrale pour modéliser la complexité tumorale de manière plus fidèle et transposable à la clinique.

Activités

- Mise en culture et maintenance d’organoïdes tumoraux à partir d’échantillons de patients atteints de cancer colorectal et de cancer du sein, dans des conditions 3D adaptées.
- Optimisation des conditions de culture (matrices extracellulaires, facteurs de croissance, milieux spécifiques) selon les spécificités des modèles tumoraux.
Caractérisation morphologique et moléculaire des organoïdes (microscopie, immunofluorescence, RT-qPCR, immunoblot, pour valider leur représentativité tumorale.
- Participation aux essais fonctionnels pour évaluer la réponse des organoïdes aux traitements anticancéreux, notamment dans une optique de médecine personnalisée.
- Gestion et suivi des biocollections, traçabilité des échantillons, tenue de cahiers de laboratoire et participation aux réunions de projet.
- Collaboration avec les équipes cliniques et de recherche pour le transfert, l’analyse et l’interprétation des données biologiques issues des cultures d’organoïdes.

Compétences

- Maîtrise des techniques de culture cellulaire, idéalement en 3D (organoïdes, sphéroïdes) et en conditions stériles.
- Connaissances solides en biologie cellulaire et moléculaire, notamment sur les cancers épithéliaux (colorectal, mammaire) et les modèles tumoraux.
- Expérience en techniques de caractérisation : microscopie à fluorescence, immunostaining, RT-qPCR, Western blot, éventuellement RNA-seq.
- Capacité à analyser, documenter et interpréter des données expérimentales de manière rigoureuse.
- Autonomie, sens de l’organisation et rigueur expérimentale, notamment dans la gestion de cultures complexes et d’échantillons cliniques.
- Bon relationnel et goût pour le travail en équipe multidisciplinaire, en lien avec des partenaires académiques, cliniques et industriels.
- Maîtrise des outils bureautiques et logiciels de traitement d’image ou d’analyse de données (ImageJ, GraphPad, Excel, .
- Anglais scientifique lu et écrit, pour la lecture de publications, la rédaction de protocoles ou la participation à des réunions de consortium.

Contexte de travail

Le ou la candidat·e sera intégré·e au sein du Laboratoire de Biologie Tissulaire et d'Ingénierie Thérapeutique (LBTI) et plus précisément dans l'équipe " Vecteurs colloïdaux et ingénierie thérapeutique ciblée" impliqué dans la recherche translationnelle en vaccination et oncologie. Les travaux s’inscrivent dans le cadre de deux projets collaboratifs financés par des appels nationaux et régionaux : le premier, centré sur le développement de modèles biomimétiques tumoraux et in ovo, et le second, focalisé sur la culture d’organoïdes mammaires à visée prédictive.

Ces projets associent des partenaires académiques, hospitaliers et industriels, favorisant une interface constante entre recherche fondamentale, application clinique et innovation technologique. L’ingénieur·e travaillera en lien étroit avec les cliniciens pour la réception des échantillons biologiques et avec les chercheurs pour l’optimisation des modèles expérimentaux. Il ou elle aura accès à des plateformes technologiques de pointe (cultures 3D, imagerie, biologie moléculaire) et pourra bénéficier d’un encadrement scientifique solide tout en contribuant activement à des projets à fort potentiel applicatif.

Le poste s’inscrit dans une démarche respectueuse des principes éthiques et réglementaires liés à l’usage d’échantillons humains et de modèles in vivo alternatifs, dans une logique d’amélioration des modèles précliniques et de réduction de l’expérimentation animale.


Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

- Manipulation d’échantillons humains : Le travail implique la réception et la manipulation de tissus tumoraux provenant de patients. Cela nécessite une rigueur absolue dans le respect des procédures d’hygiène, de sécurité biologique (niveau de confinement adapté), et des réglementations éthiques en lien avec les biocollections humaines (traçabilité, confidentialité, autorisations).
- Travail en conditions stériles : Les cultures 3D d’organoïdes exigent des manipulations en environnement stérile (hottes à flux laminaire), avec des protocoles précis, chronophages et sensibles à la contamination. Une grande vigilance et une bonne endurance sont nécessaires.
- Expériences longues et contraignantes : Certaines manipulations, notamment la culture des organoides, peuvent impliquer des horaires flexibles, notamment en fonction du développement des cultures ou des modèles. Une disponibilité ponctuelle en dehors des horaires standards peut être requise.
- Exposition à des produits chimiques ou biologiques : L’utilisation de réactifs de culture, de fixation ou de marquage (ex. : paraformaldéhyde, anticorps, enzymes) implique le respect strict des consignes de sécurité chimique et biologique (port d’EPI, procédures de gestion des déchets, .
- Contraintes organisationnelles : L’ingénieur·e devra gérer simultanément plusieurs lignées, assurer la traçabilité complète des manipulations et travailler en interaction avec plusieurs équipes partenaires, ce qui demande une bonne gestion du temps, une communication fluide et une capacité à s’adapter aux priorités du projet.