Stage m2 : analyse structurale de mutations associées à la résistance aux antipaludiques chez plasmo

Stage M2 : Analyse structurale de mutations associées à la résistance aux antipaludiques chez Plasmo

Stage·Stage M2·6 moisBac+5 / MasterUR ESCAPE·Rouen (France)Gratification de stage (4.35€/h de stage)

Date de prise de poste : 12 janvier 2026

Paludisme, Plasmodium falciparum, Modélisation structurale, Dynamique moléculaire, AlphaFold, Résistance aux antipaludiques

1. Présentation du stage

La résistance à l’artémisinine (ART), traitement de première ligne contre Plasmodium falciparum, constitue aujourd’hui une menace majeure pour les efforts de lutte contre le paludisme. Si la majorité des études se concentrent sur les mutations du gène pfk13, nos travaux récents ont mis en évidence l’existence de lignées résistantes à ART ne portant aucune mutation connue (https://journals.asm.org/doi/10.1128/aac.01541-24 ). Ces résultats remettent en question les stratégies actuelles de surveillance moléculaire.

Dans le cadre d’un projet multidisciplinaire financé par l’ANR, nous avons identifié une série de gènes candidats porteurs de mutations et/ou délétés spécifiques à des lignées hautement résistantes, sans mutation de pfk13. Ces variants pourraient constituer de nouveaux déterminants moléculaires de la résistance.

Le stage s’inscrit dans le Work Package 2 du projet global, dédié à l’analyse structurale et fonctionnelle des protéines mutées. Il vise à caractériser l’impact de ces mutations sur la structure, la stabilité et la fonction des protéines concernées, en s’appuyant sur des approches bioinformatiques de pointe (prédictions AlphaFold, dynamique moléculaire, détection de régions fonctionnelles, etc.).

Le ou la stagiaire sera intégré(e) dans une équipe dynamique mêlant biologistes et bioinformaticiens, et participera à une recherche appliquée de haut niveau avec des implications directes en santé publique mondiale.

2. Description des tâches

Sous la supervision d’un encadrant spécialisé en bioinformatique structurale, le ou la stagiaire aura pour missions :

Récupération et modélisation 3D des structures protéiques des gènes candidats :
* Recherche de structures expérimentales disponibles (PDB)
* Prédiction de structures via AlphaFold 3.0, si nécessaire
* Raffinement des structures en fonction des contraintes biologiques connues

Cartographie des mutations dans les structures protéiques :
* Localisation des mutations dans les domaines fonctionnels (sites actifs, poches de liaison, interfaces protéine-protéine, etc.)
* Utilisation de l’algorithme CONSTRUCT (https://academic.oup.com/bioinformatics/article/41/4/btaf166/8112831 ) pour détecter des « hotspots » fonctionnels évolutifs

Simulation de dynamique moléculaire (MD) avec GROMACS :
* Simulations comparatives entre versions sauvage (WT) et mutées des protéines
* Analyse de la stabilité, flexibilité, interactions (RMSD, RMSF, SASA, liaisons H, etc.)
* Approche coarse-grain pour les protéines membranaires

Interprétation biologique des résultats :
* Mise en relation des effets structuraux observés avec le phénotype de résistance
* Sélection de candidats pour validation fonctionnelle ultérieure (CRISPR, RSA, etc.)

3. Profil du (de la) candidat(e) recherché(e)

Nous recherchons un(e) étudiant(e) en Master 2 Bioinformatique, idéalement avec une spécialisation en biologie structurale, biophysique computationnelle ou modélisation moléculaire.

Compétences requises :
* Connaissance des outils de modélisation structurale : PDB, AlphaFold, PyMOL
* Connaissance des bases de la dynamique moléculaire (GROMACS, ou équivalent)
* Solides bases en biologie moléculaire et/ou biologie évolutive
* Intérêt pour la recherche translationnelle et les maladies infectieuses
* Autonomie, rigueur, capacité à interpréter des résultats complexes
* Connaissance du langage Python ou R pour les analyses structurales
* Une bonne capacité à travailler en équipe et à s’adapter à un environnement pluridisciplinaire
* Des compétences rédactionnelles (rédaction d’un article scientifique en anglais, rapport de stage).

Compétences appréciées :
* Expérience préalable avec des simulations MD (y compris pré-/post-traitement)
* Familiarité avec les parasites du genre Plasmodium

Procédure : Envoyer un mail au Dr Romain Coppée, avec un CV (et éventuellement une lettre de motivation)

Date limite : 31 décembre 2025

Romain Coppée
romain.coppee@univ-rouen.fr

Offre publiée le 6 août 2025, affichage jusqu'au 31 décembre 2025

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