Date limite de dépôt des candidatures : le 28/06/2026 (CV et lettre de motivation en un seul document)
L'une des deux unités décrites ci-dessous vous accueillera en fonction du lieu géographique de votre organisme de formation.
L'unité Ifremer intégrée dans l'UMR MARBEC (MARine Biodiversity, Exploitaion and Conservation) basé à Sète (34), mène des travaux de recherche sur la biodiversité marine, ses usages et sa conservation, plus particulièrement en écologie halieutique et en aquacultures durables. Les actions du laboratoire Halieutique Méditerranée (LHM), qui est l'une des composantes de cette unité, se développent dans trois domaines complémentaires : (i) dynamique des populations et des flottilles pour les principales espèces de poisson exploitées, (ii) écologie halieutique et interactions trophiques et (iii) écologie d'espèces marines menacées et interactions avec la pêche.
L'unité mixte de recherche (UMR) "Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l'océan" (DECOD) regroupe des chercheurs, ingénieurs et techniciens de Ifremer (unité Halieutique Grand Ouest HALGO), de l'INRAE et de l'Institut Agro Rennes-Angers avec des laboratoires à Brest, Lorient, Nantes et Rennes (https://www.umr-decod.fr). Les activités de DECOD portent sur l'analyse des processus écologiques et évolutifs à l'œuvre dans les milieux aquatiques et leurs interfaces, de la source à l'océan, sur l'évaluation de l'état des écosystèmes et sur la construction de scénarios pour ces écosystèmes. Pour répondre à ces questions, le Laboratoire de Technologie et Biologie Halieutique (LTBH - unité HALGO) de Lorient acquiert des connaissances :sur les organismes marins exploités, de l'échelle individuelle à celle de la population, et met en œuvre des modèles et des approches quantitatives basées sur des données empiriques, dans le cadre d'une approche écosystémique des pêches. L'un des axes de travail spécifique du laboratoire est la réduction de l'impact des engins de pêche sur les écosystèmes marins.
Introduction du poste à pourvoir et de sa position dans l'organigramme
Cette dernière décennie, l'imagerie sous-marine est devenue un outil incontournable pour l'évaluation de la biodiversité et le suivi des écosystèmes marins. Cet essor a notamment été possible grâce à l'augmentation exponentielle de la résolution et de la qualité des capteurs optiques, accompagnée d'une diminution de leur coût, facilitant leur acquisition. Cette approche, non destructive, permet l'étude de la distribution des habitats et des espèces marines sur des échelles de temps et d'espace sans précédent. Ainsi, les études basées sur l'imagerie sous-marine ont pris une place importante au sein de l'institut puisque son utilisation couvre plusieurs départements et métiers. L'essor de l'imagerie entraîne cependant de nouvelles problématiques, en particulier celles liées à l'ère des méga-données, incluant le traitement du volume colossal de données mais également sa bancarisation et son archivage. Les données optiques incluent images et vidéos provenant d'un grand nombre de systèmes d'acquisition.
L'avènement de l'Intelligence Artificielle (IA) a permis le développement d'algorithmes puissants qui peuvent faciliter le traitement de ces méga-données. Cependant la capacité des machines à transformer ces volumes de signaux bruts (ici optiques) en données utilisables à des fins scientifiques est conditionnée par une phase d'apprentissage sur de larges bases de données de références, standardisées, issues d'un traitement « manuel » par des experts humains. Faisant suite à des travaux réalisés notamment dans le cadre du Programme Prioritaire de Recherche Ocean et climat (PPR) FUTURE-OBS et Game of Trawls ayant permis de développer des bases de données d'imagerie benthique (des fonds marins) et des outils de traitement variés (Biigle, Viame, …), vous poursuivrez les développements déjà réalisés dans ce domaine de façon à permettre une meilleure intégration et standardisation des flux de traitements d'imagerie optique benthique au sein des infrastructures existantes à Ifremer.
Vous serez positionné(e) au niveau du Département RBE. En fonction de votre choix d'implantation géographique, vous serez placé(e) sous la responsabilité des responsables de l'unité Marbec et du Laboratoire Halieutique Méditerranée ou de l'unité HALGO et du Laboratoire Technologie et Biologie Halieutique.
Quelle sera votre mission ?
Vous participerez, en collaboration avec les personnels utilisateurs d'imagerie benthique:
- à la prise en main des différents outils d'IA pour l'imagerie benthique à l'Ifremer
- à la rédaction d'une note de synthèse des outils disponibles pour l'imagerie benthique, avec une analyse AFOM de chaque outil
- à l'organisation et à la structuration des jeux de données d'annotations des nombreuses images disponibles, en vue notamment d'alimenter les bases d'apprentissage pour le développement d'outils de machine learning,
- à la prise en main et finalisation des outils passerelles (standardisation des formats de données) entre les outils disponibles
- à la mise en production d'outils de versionning déjà développés
- à l'intégration de modèles pré-entraînés dans les outils d'analyse d'image déjà en place.
- au développement de modules spécifiques qui s'intégreront dans les outils existants (ex détection de points ou lignes laser dans les images)
- au développement, à l'analyse et à la validation des résultats du deep-learning appliqués l'analyse d'images et de vidéos, en particulier dans le cadre d'évaluations de stocks ou d'état des habitats benthiques.
Bien qu'appliquer uniquement à l'imagerie benthique, les outils et approches seront suffisamment génériques pour être directement applicables sur d'autres domaines d'imagerie (poissons, aérien, captures accidentelles).
Finalités de la fonction
. Concevoir et développer des suites logicielles et de flux de données pour le traitement d'images de fond marin à viser de suivi de la biodiversité et de gestion des ressources.
. Organiser et structurer des jeux de données d'annotations d'images disponibles, en vue notamment d'alimenter des bases d'apprentissage.
. Participer au développement des outils de deep learning en interaction avec des initiatives existantes à Ifremer ou dans le cadre de collaboration européennes (i.e. Biigle : https://biigle.de, https://github.com/biigle, VIAME https://github.com/VIAME/VIAME, https://github.com/Kitware/dive) concernant des applications sur l'analyses d'images et de vidéos de fonds sous-marin.
. Concevoir des outils intégrés aux infrastructures du centre de calcul et données scientifiques de l' Ifremer (Calculateur Datarmor) et déployables en Mer pour traitement in situ.
Quelles seront vos activités ?
• Développer et optimiser les fonctionnalités, arbres décisionnels et interfaces graphiques
• Travailler en collaboration avec d'autres ingénieurs et chercheurs pour développer des solutions logicielles innovantes correspondantes aux besoins des utilisateurs
• Rédiger les documentations techniques et de suivi technique sur l'avancée du projet
• Faire de la Veille technologique
Activité à taux plein suivant les modalités d'alternance à préciser
Essentiel du travail posté devant écran
Possibilité d'embarquement lors de campagnes océanographiques, déplacements dans autres implantations Ifremer dans le cadre des collaborations internes, ou pour présenter résultats dans des séminaires ou ateliers
Collaborations en externe avec des équipes européennes et international en lien avec le développement des outils open-source Biigle et Viame.
Nous bénéficions de 12 RTT et congés supra légaux.
Nous sommes engagés dans une politique RSE inspirée des raisons d'être de l'institut (forfait mobilité durable)
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