Stage eco-évolution du saumon de l'atlantique en europe

Contexte du recrutement et définition de poste :

2 stages de Master sur l'éco-évolution du Saumon de l'Atlantique en Europe - Evolution, conservation et génomique. Université d'Helsinki

Contexte : Les populations de saumon atlantique (Salmo salar) à l’échelle mondiale ont connu un déclin ou ont déjà disparu (ICES 2025), principalement en raison de pressions anthropiques au cours des deux derniers siècles. Parallèlement à ces baisses démographiques, les programmes de suivi à long terme ont signalé des changements phénotypiques rapides, notamment des variations de l’âge de maturité et de la croissance à travers leur répartition dans l’Atlantique Nord (Otero et al., 2012 ; Erkinaro et al., 2019 ; Harvey et al., 2021 ; Vollset et al., 2022). Des modifications génétiques ont également été documentées, dont une homogénéisation croissante entre les populations (Ostergren et al., 2021). Étant donné que ces caractères phénotypiques et génotypiques influencent la condition physique du saumon et la résilience des populations, il est essentiel de comprendre leurs dynamiques temporelles. Les populations européennes bénéficient de programmes de suivi à long terme, offrant une occasion unique d’étudier les tendances temporelles de vie et de diversité génétique sur une large échelle géographique et le long d’un gradient environnemental.

À l’aide de ces jeux de données, nous proposons deux projets de mémoire de master :

1. Changements à long terme des stratégies vitales du saumon atlantique en Europe

Date de début : dès que possible

1. Question(s) de recherche : Quelle est l’étendue de la diversité des stratégies vitales parmi les populations européennes ? Comment ces stratégies vitales ont‑elles évolué au cours des décennies ?

2. Données disponibles : Caractères vitaux (âge à maturité, âge à smoltification, sexe, longueur et masse) obtenus à partir d’écailles et de mesures biométriques pour environ 45 000 individus, collectés dans le cadre de programmes de suivi à long terme (≈ 1973 – 2022) couvrant plusieurs populations européennes.

3. Tâches de l’étudiant(e) : L’étudiant(e) analysera la base de données déjà disponible afin de caractériser la diversité des stratégies vitales selon les populations et appliquera des méthodes statistiques de séries chronologiques pour quantifier les tendances phénotypiques dans le temps. Il/elle comparera ensuite les tendances entre les différentes populations.

2. Diversité génétique passée et actuelle des populations de saumon atlantique en Europe

Date de début : souple

4. Question(s) de recherche : Comment la diversité génétique des populations européennes de saumon a‑t-elle évolué au fil du temps ? Les populations tendent‑elles vers une plus grande homogénéité ou, au contraire, vers une diversification accrue ?
5. Données disponibles : Données génotypiques (140 SNP) provenant d’environ 11 000 échantillons historiques et contemporains, issus d’écailles recueillies dans le cadre de programmes de suivi à long terme (1956 – 2022) couvrant plusieurs populations européennes.
6. Tâches de l’étudiant(e) : L’étudiant(e) évaluera les variations de la diversité génétique, de la structuration des populations et de la taille effective (Ne) au cours du temps pour plusieurs populations européennes, en appliquant les méthodologies classiques de génétique des populations.

Two Master’s thesis topics on Atlantic salmon eco-evolutionary change across Europe - Evolution, Conservation and Genomics; University of Helsinki


Background: Atlantic salmon (Salmo salar) populations worldwide have faced a decline or have already been extirpated (ICES 2025), mainly due to human-induced pressures over the past two centuries. Alongside these demographic declines, long-term monitoring programs have reported rapid phenotypic changes, including shifts in age at maturity and growth across their North Atlantic distribution (Otero et al., 2012; Erkinaro et al., 2019; Harvey et al., 2021; Vollset et al., 2022). Genetic changes have also been documented, including increasing homogenization among populations (Ostergren et al., 2021). Considering these phenotypic and genotypic traits influence salmon fitness and population resilience, understanding their temporal dynamics is crucial. European populations benefit from long-term monitoring programs, providing a unique opportunity to study temporal trends in life-history and genetic diversity across a broad geographic scale and environmental gradient.

Using these datasets, we offer two Master’s thesis projects:

1. Long-term changes in life-history strategies of Atlantic salmon across Europe – Starting date: as soon as possible

• Research questions: What is the extent of life-history diversity across European populations? How have these life-history strategies changed over decades?

• Available data: Life-history traits (age at maturity, age at smoltification, sex, length, and weight) derived from scales and biometric measurements for approximately 45,000 individuals collected through long-term monitoring (~1973– 2022) across several European populations.

• Student tasks: The student will analyze the already available database to characterize the diversity of life-history strategies across populations and apply statistical time-series methods to quantify phenotypic trends over time. The student will compare trends among populations.

2. Past and present genetic diversity of Atlantic salmon populations across Europe – Starting date: flexible

• Research questions: How has genetic diversity in European salmon populations changed over time? Are populations becoming more or less homogeneous?

• Data available: Genotypic data (140 SNPs) from approximately 11000 historical and contemporary samples, derived from scales collected through long-term monitoring (1956–2022) across multiple European populations.

• Student tasks: The student will assess changes in genetic diversity, structure, and effective population size (Ne) over time in several European populations using standard population genetic methodologies.

Encadrants / Supervisors

Chercheuse postdoctorale spécialisée en génétique des populations, génomique, évolution, conservation et bioinformatique (Cádiz et al., 2020, 2024, 2025). Maria mène actuellement des études sur la génétique des populations et l’évolution des gènes à fort effet liés aux stratégies vitales, en s’appuyant sur des séries chronologiques à long terme des populations européennes de saumon atlantique.

Postdoctoral researcher with interests in population genetics, genomics, evolution, conservation, and bioinformatics (Cádiz et al. 2020, 2024, 2025). Maria is currently studying the population and evolutionary genetics of large-effect life history-linked genes using long-term time series of European Atlantic salmon populations.

Chercheuse postdoctorale spécialisée en dynamique éco‑évolutionnaire, persistance et adaptation des (méta)populations. Amaïa possède une expertise dans l’évolution des caractères vitaux et la dynamique des populations, en recourant à une approche de modélisation pour simuler les réponses des populations aux changements environnementaux et anthropiques (Lamarins et al., 2024, 2025a, b).

Postdoctoral researcher with interests in eco-evolutionary dynamics, persistence, and adaptation of (meta)populations. Amaïa has expertise in life-history traits evolution and population dynamics, using a modelling approach to simulate population responses to environmental and anthropogenic changes (Lamarins et al., 2024, 2025a, b).

Labo d'accueil et détail du stage / Hosting lab and internship details

Evolution, Conservation and Genomics; University of Helsinki Finland; PI: Pr Craig Primmer

Stage de 4 à 6 mois, sous convention mais non payé.

Internship of 4-6 months, conventionned but not paid.

Candidature /Application

7. Envoyer /Send CV + motivation letter to : and

8. Date limite / Deadline : 30 janvier / January 30

Bibliographie / References

Vollset K, Urdal K, Utne K, et al (2022) Ecological regime shift in the Northeast Atlantic Ocean revealed from the unprecedented reduction in marine growth of Atlantic salmon. Sci Adv 8:2542

Profil recherché :

Profil attendu

Bac+3, Master 1 ou 2 en écologie de l'évolution avec intérêt en environnement aquatique et analyse de données.

Compétences demandées en analyse de données et utilisation de R

Expected student profile

Bac +3 - Master student (1 or 2) in ecology and evolution, with interests in aquatic environments and data analysis

Skills in data analysis and R software are required