Analyses bioinformatiques des séquences répétées du génome à partir de données de séquençage du génome et de la méthylation de l'ADN au moyen de technologies en lectures courtes (Illumina, BS-seq) et longues (ONT).
Activités
Travail sous linux. Gestion, analyse, et intégration des données NGS et des espaces de travail de l'équipe sur cluster de calcul. Interaction avec la plateforme. Mise en place de pipelines d'analyse, diffusion (github), et formation des membres de l'équipe à leur utilisation.
Compétences
Compétences en programmation essentielles (Python, Bash, R). Travail sur HPC. Interprétation des données en lien avec les questions biologiques. Travail en équipe. Autonomie. Veille méthodologique.
Contexte de travail
Équipe PEpiTE (Polyploidy, Epigenetics, and TEs)
Contraintes et risques
Présentiel 4j/5. Travail sur écran
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