Chercheur cdd (h/f) en barcoding/métabarcoding de pathogènes émergents aquatiques – crbe toulouse

Informations générales Organisme de rattachement CNRS Référence UMR5300-GERLOO-006 Date de début de diffusion 13/03/2026 Date de parution 14/03/2026 Date de fin de diffusion 03/04/2026 Intitulé long de l'offre Chercheur CDD (H/F) en barcoding/métabarcoding de pathogènes émergents aquatiques – CRBE Toulouse Date limite de candidature 03/04/2026 Nature du contrat CDD de 2 ans Versant Fonction Publique de l'Etat Catégorie Catégorie A (cadre) Nature de l'emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels Domaine / Métier Recherche - Chercheuse / Chercheur Statut du poste Vacant Intitulé du poste Chercheur CDD (H/F) en barcoding/métabarcoding de pathogènes émergents aquatiques – CRBE Toulouse Descriptif de l'employeur Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique. Description du poste Missions : La personne sélectionnée jouera un rôle central dans le projet AQUAPAT. Ce projet vise à développer des outils opérationnels utilisant de nouvelles technologies moléculaires pour réaliser une surveillance simultanée et précise des pathogènes et de leurs hôtes compétents. Il prévoit également la réalisation d'une cartographie fine des zones critiques où les conditions environnementales locales favorisent l'émergence des pathogènes. En adoptant une approche proactive et holistique, le projet vise à améliorer la surveillance, le diagnostic et la gestion des maladies infectieuses, en fournissant des solutions concrètes et efficaces pour répondre aux défis posés par les pathogènes dans les écosystèmes aquatiques. Le projet se structure autour de 2 axes : i) Développement de nouveaux outils basés sur l'eDNA et la dPCR pour améliorer la surveillance des pathogènes d’eau douce ii) Etude du pathogène émergent Tetracapsuloides bryosalmonae, agent de la PKD, développement de marqueurs moléculaires et utilisation du métabarcoding pour caractériser le complexe d’espèces hôtes Bryozoaires Dans le cadre de ce projet, la personne recrutée utilisera des ressources moléculaires et développera des outils bioinformatiques afin de décrire la diversité taxonomique des communautés de pathogènes. De plus, en utilisant des approches de métabarcoding à partir d’échantillons d’ADNe, il s’agira de caractériser la diversité des communautés de l’hôte définitif du pathogène PKD, à savoir les bryozoaires. Des collaborations seront établies avec des partenaires acteurs locaux impliqués dans le projet : OFB, Fédération de pêche, UFBAG, Agence de l’Eau Adour-Garonne, CEN, PNP, SHF, ASPS, FNE, ANSES… Activités : -Mise au point moléculaire (dPCR ADN/ARN, métabarcoding) -Analyses bioinformatiques -Synthèse de données environnementales -Analyse statistique des données -Participation au terrain (échantillonnage ADNe/ARNe) -Rédaction d'articles scientifiques et communication -Encadrement de stagiaires Contexte de travail : La personne recrutée sera basée au Centre de Recherche sur la Biodiversité et l'Environnement (CRBE) situé à Toulouse sur le campus de l'Université de Toulouse - Paul Sabatier. Conditions particulières d'exercice Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche. Descriptif du profil recherché Competences : - Solides compétences en dPCR, désign d’amorces, multiplexage, métabarcoding et bioinformatique. - Des connaissances préalables sur la structure des communautés de pathogènes en milieu aquatique et l’ADN environnemental seront demandées. Plus généralement, nous recherchons une personne ouverte d'esprit et intéressée par l’écologie et l’évolution des pathogènes émergents. Contraintes et risques : Risques liés au travail sur écran (ergonomie) Travail de terrain dans des conditions parfois inconfortables Temps plein Oui Rémunération contractuels (en € brut/an) entre 3041€ et 3467€ brut mensuel selon expérience Localisation du poste Europe, France, Occitanie, Haute Garonne (31) Géolocalisation du poste TOULOUSE Lieu d'affectation (sans géolocalisation) 31062 TOULOUSE (France) Critères candidat Niveau d'études / Diplôme Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents Spécialisation Formations générales Langues Français (Seuil)