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Ingénieur d'étude en bioinformatique des séquences (h/f)

La Tronche
CNRS
Ingénieur d'études
Publiée le 30 juin
Description de l'offre

Portail > Offres > Offre UMR5525-SOPABB-002 - Ingénieur d'Étude en Bioinformatique des séquences (H/F)


Ingénieur d'Étude en Bioinformatique des séquences (H/F)


Date Limite Candidature : vendredi 18 juillet 2025 23:59:00 heure de Paris

Assurez-vous que votre profil candidat soit correctement renseigné avant de postuler


Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur d'Étude en Bioinformatique des séquences (H/F)
Référence : UMR5525-SOPABB-002
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : LA TRONCHE
Date de publication : vendredi 27 juin 2025
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 22 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : à partir de 2466€ bruts/mois, selon expérience
Niveau d'études souhaité : BAC+5
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingenieure ou ingenieur biologiste en traitement de donnees


Missions

Vous intégrerez le groupe compbio@TrEE au laboratoire TIMC (voir contexte) en qualité d'Ingénieur d'Étude au CNRS pour contribuer à deux missions principales :
- mettre en place la pipeline d'analyse d'enzymes de la chaîne de transferts d'électrons dans le cadre du projet ANR ADAPT2Q https://anr.fr/Projet-ANR-23-CE44-0012
- gérer et maintenir les données de génomes utilisées par l'équipe et participer ponctuellement à la mise en place de travaux en groupe au sein de l'équipe


Activités

Dans le cadre du projet collaboratif ADAPT2Q financé par l'Agence Nationale de la Recherche impliquant l'équipe TrEE du laboratoire TIMC (Grenoble, lieu du recrutement), le laboratoire BIP (Marseille) et le laboratoire LCB (Marseille), nous proposons un contrat d'Ingénieur d'Étude CNRS en bioinformatique de 22 mois. Pour contribuer aux deux missions principales, les activités principales à réaliser seront les suivantes :

1. Mise en place de la pipeline d'analyse d'enzymes
- collecte de séquences des enzymes d'intérêt auprès de nos collaborateurs
- mise en place d'une pipeline d'analyse des séquences protéiques de ces enzymes en plusieurs étapes :
- création et validation de profils HMM pour l'annotation de ces enzymes dans les génomes des bases de données
- annotation des génomes et recueil des séquences d'intérêt
- analyse de séquences (coévolution, clustering, alignement multiple)
- "mapping" de résultats sur la structure 3D des enzymes
- construction de phylogénie des enzymes
- traitement joint des données de phylogénie, de coévolution, de taxonomie et du type de quinones produites (annotations déjà disponibles)
- communication de l'avancée du projet et des résultats obtenus (création de figures sur la base des résultats, de rapports explicatifs et de présentations pour l'équipe et les collaborateurs)

2. Gestion de ressources partagées de compBio@TrEE
- assurer la mise à jour et la maintenance de scripts Python et snakemake pour le téléchargement et l'homogénéisation de données de génomes publics ou privés utilisées par le groupe et pour le projet ADAPT2Q
- assurer la mise en place technique d'évènements ponctuels de l'équipe ("peer programming" et retraite bioinformatique) : recueil et mise en forme des données
- création de notices techniques et documentation en lien avec les ressources partagées (bases de données et serveurs de calcul)
- formation des membres du groupe aux bonnes pratiques mises en place dans l'équipe


Compétences

Nous recherchons un(e) candidat(e) formé en bioinformatique et en biologie muni des compétences pour le développement de pipelines d'analyses de données biologiques massives.

Plus précisément, les compétences requises sont :
- bioinformatique et analyse de séquences
- langage Python
- scripting en bash/shell
- utilisation d'un environnement Linux
- utilisation de Git et github/gitlab,
- utilisation d'un serveur de calcul informatique

Des notions de biologie structurale/ biochimie seraient un plus, ainsi qu'un intérêt pour l'évolution des fonctions biologiques.


Contexte de travail

Vous travaillerez au sein du laboratoire TIMC (Recherche Translationnelle et Innovation
en Médecine et Complexité), une unité mixte de recherche interdisciplinaire (CNRS, UGA, G-INP, VetAgro Sup) qui regroupe près de 300 membres, dont 70 doctorants, répartis en 10 équipes. Situé sur l’espace santé du CHU de Grenoble, le laboratoire vous offre un contexte de travail scientifique stimulant et un cadre de vie agréable, entouré de montagnes !
Vous rejoindrez l'équipe TrEE, une équipe interdisciplinaire regroupant des biochimistes, des biophysiciens, des microbiologistes moléculaires, des biostatisticiens et des bioinformaticiens, avec un intérêt commun pour l'évolution microbienne.
Le groupe de biologie computationnelle (compBio@TrEE) est constitué de trois chercheurs, deux post-docs et huit doctorants.

Le laboratoire est situé sur le campus de La Tronche, à proximité immédiate de Grenoble (Tram B) et facilement accessible en vélo.

Contexte scientifique du projet ADAPT2Q :
La disponibilité des molécules permettant de produire de l'énergie cellulaire a évolué au cours de l'histoire de la Terre. Les chaînes de transport d'électrons (CTE) se sont ainsi adaptées aux différents donneurs et accepteurs d'électrons disponibles. En particulier, les enzymes de la CTE se sont adaptées à différentes quinones - de petites molécules impliquées dans le transport d'électrons entre les enzymes de la CTE. L'objectif principal du projet ADAPT2Q est de comprendre l'adaptation des enzymes de la CTE à la variété de quinones que l'on trouve dans l'arbre de la vie.

Liens utiles :
https://tree-timc.github.io/compbio/
https://www.timc.fr/en/tree
https://www.timc.fr/en/
https://anr.fr/Projet-ANR-23-CE44-0012


Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

#J-18808-Ljbffr

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