Étude génomique des populations de corail rouge corallium rubrum (linnaeus, 1758): de l'histoire des populations à la conservation et la traçabilité // population genomics of the red coral corallium rubrum (linnaeus, 1758): from population history to cons

Topic description

Le corail rouge Corallium rubrum (Linnaeus, ) est une espèce emblématique de Méditerranée et du proche Atlantique, qui est exploitée depuis des siècles pour la bijouterie. Les populations peu profondes de cette espèce, généralement sur-exploitées, sont aussi impactées par le changement climatique. Des mesures de gestion de la pêche du corail rouge ont été mises en place. Cependant des questions subsistent concernant la vulnérabilité des populations à une échelle évolutive, notamment en fonction des pressions liées à la pêche et au changement climatique. L'objectif de ce projet de thèse est d'utiliser des approches de génomique des populations pour comprendre l'évolution des populations de cette espèce et aider à sa conservation. Dans un premier temps, à partir de données déjà acquises et complétées pendant cette thèse, il s'agira d'étudier la structuration et la diversité génétique de cette espèce sur la majeure partie de son aire de répartition. Puis nous rechercherons des locus impliqués dans l'adaptation locale (profondeur, température). À partir de données génomiques, le projet étudiera l'histoire démographique des populations: stabilité / expansion / contraction. En effet, le corail rouge est présent de moins de 10m à plus de m de profondeur: ces populations ont pu être impactées de manière différente par les fluctuations passées du niveau marin. Nous testerons cette hypothèse dans différentes régions de l'aire de répartition du corail rouge. Nous pourrons aussi tester si des fluctuations démographiques récentes peuvent être détectées en lien avec l'exploitation humaine, et ce de manière différente selon les régions. Cette analyse sera basée sur des échantillons récents (moins de 10 ans), plus anciens issus de la pêche (40-50 ans) ainsi que des échantillons de musée, dont le MNHN. Les données de génomique des populations seront utilisées pour définir un jeu de marqueurs génétiques de type SNPs qui pourraient être utilisés à des fins de traçabilité (assigner des colonies pêchées à un groupe génétique et donc une origine géographique). L'origine d'une colonie commercialisée n'est pas toujours connue et la commission des pêches en Méditerranée (GFCM / FAO) souhaite développer des outils de traçabilité. La structure génétique marquée observée chez le corail rouge doit permettre de rechercher et tester in silico un ensemble de marqueurs (de type SNPs) permettant de déterminer de manière probabiliste l'origine géographique d'une colonie à partir de son génotype sur ce panel de SNPs. Cette analyse informatique visera à préciser jusqu'à quelle finesse géographique la traçabilité peut être envisagée. Ce projet a précédemment été soutenu financièrement par la GFCM / FAO, qui est intéressée par les résultats qui pourront être obtenus.
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

The Mediterranean ed coral Corallium rubrum (Linnaeus, ) is an emblematic species of the Mediterranean Sea and neighboring Atlantic, which has been exploited for centuries, especially for jewellery. Shallow populations of this species, which are generally overfished, are also impacted by climate change. Measures to manage the red coral fishery have been put in place. However, questions remain concerning the vulnerability of populations on an evolutionary scale, particularly in relation to fishing pressure and climate change. The aim of this thesis project is to use population genomics approaches to understand the evolution of populations of this species and help its conservation. Using data already acquired and completed during this thesis, we will study the structuring and the genetic diversity of this species over most of its range. We will then look for loci involved in local adaptation (depth and temperature). On the basis of genomic data, the project will study the demographic history of populations: expansion/contraction. The red coral can be found from depths of less than 10 m to more than m: these populations may have been impacted differently by past fluctuations in sea level. We will test this hypothesis in different regions of the red coral's range. We will also be able to test whether demographic fluctuations have had an impact on red coral populations. This analysis will be based on recent samples (less than 10 years old), older samples obtained from fishermen (40-50 years old), museum samples, and dead colonies over years old found in sediments (J;-B. Ledoux, Com. Pers.). Population genomics data will be used to define a set of SNPs genetic markers that could be used for traceability purposes (assigning fished colonies to a genetic group and thus a geographical origin). The origin of a commercial colony is not always known, and the General Fisheries Commission for the Mediterranean(GFCM / FAO) works on developing traceability tools. The marked genetic structure observed in red coral should make it possible to research and test in silico a set of markers enabling the geographical origin of a colony to be determined probabilistically from its genotype on this panel of SNPs. The aim of this computer analysis will be to specify the degree of geographical traceability that can be envisaged. This project has previously received financial support from the GFCM / FAO, which is interested in the results that may be obtained.
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Début de la thèse : 01/10/

Funding category

Public funding alone (i.e. government, region, European, international organization research grant)

Funding further details

Concours pour un contrat doctoral