Stage master 1: imputation marqueurs moléculaires

Offre de Stage Master 1: Imputation de marqueurs moléculaires à partir de croisements multi-parentaux

Contexte

Dans le cadre de nos travaux en génétique végétale et amélioration des plantes, nous développons des approches permettant de réduire les coûts de génotypage tout en maintenant une résolution génétique élevée. L'imputation consiste à prédire un jeu complet de plusieurs milliers de marqueurs moléculaires à partir d'un sous-ensemble restreint, en s'appuyant sur des relations génétiques, la structure des populations et les données de référence.

Nous travaillons en particulier sur des populations issues de croisements multi-parentaux, comprenant des généalogies partiellement connues et parfois inconnues. L'objectif du stage est d'évaluer différentes stratégies d'imputation adaptées à ces configurations complexes.

Objectifs du stage

Le/la stagiaire aura pour mission de :

Développer et tester des algorithmes d'imputation permettant de prédire un set global de plusieurs milliers de marqueurs moléculaires à partir d'un sous-ensemble de marqueurs génotypés
Évaluer la performance de l'imputation dans le contexte de croisements multi-parentaux avec parents connus et inconnus
Analyser l'impact de la structure de la population et des relations de parenté sur la qualité de l'imputation
Proposer des stratégies optimales de sélection du sous-ensemble de marqueurs à génotyper
Compétences développées durant le stage

Analyse et traitement de données génétiques à grande échelle.
Mise en oeuvre et optimisation de méthodes d'imputation.
Compréhension des structures génétiques complexes (croisements multi-parentaux).
Pratique des workflows d'analyse reproductibles et gestion de données génétiques.
Informations pratiques

Durée : 3 à 4 mois (selon contraintes universitaires).
Lieu : Haut Mauco (40)
Gratification : selon réglementation en vigueur.