Présentation de la direction/structure d'accueil du poste Issue d'un projet Idex associant l'Unité Epigénétique et Destin Cellulaire (EDC), l'Institut Jacques Monod (IJM), l'Institut Cochin, et la plateforme Ressource Parisienne en Bioinformatique Structurale (RPBS, hébergée au sein de l'Unité Biologie Fonctionnelle et Adaptative, BFA), la plateforme iPOP-UP est dédiée à la recherche en biologie intégrative. Elle s'inscrit également dans un réseau collaboratif visant à fédérer les expertises entre laboratoires et instituts, renforçant ainsi les synergies scientifiques. La mission principale d'iPOP-UP est de soutenir les équipes de recherche dans la gestion et l'analyse des données complexes issues des approches omiques (génomique, transcriptomique, protéomique, etc.) et de la biologie structurale. Cette plateforme permet en effet aux biologistes comme aux bioinformaticiens, quel que soit leur niveau en bioinformatique, de réaliser des analyses pertinentes pour leurs projets de recherche. Pour cela, iPOP-UP offre un accompagnement personnalisé et des services dédiés : - Une formation à l'utilisation du cluster de calcul d'iPOP-UP ou d'autres structures de calcul (core cluster de l'Institut Français de Bioinformatique, IFB). - Un soutien dans la résolution de difficultés analytiques (ex. : erreur d'éxécution sur le cluster). - La mise en oeuvre et l'adaptation d'outils bioinformatiques. - Des formations pratiques, atelie Résumé du poste
- Conseiller, lors de la construction d'un projet, sur les méthodes et outils pertinents lors de l'élaboration d'un pipeline complet de séquençage et analyse de résultats.
- Accompagner le traitement et l'exploitation des données, mise en place ou adaptation de pipelines pour leur analyse et interprétation, tout en assurant le débo-gage des scripts en cas d'arrêt d'exécution sur le cluster.
- Contribuer à la valorisation des résultats à travers des outils visuels, des rapports analy-tiques ou des publications.
- Accompagner la gestion du cycle de vie des données du calcul, leur organisation, leur suivi et leur exploitation jusqu'à la visualisation
- Assurer le transfert de connaissances et des savoir-faire par la participation aux réunions bio-informatiques, la conduite de formations et l'accompagnement de scientifiques
Ce poste implique un rôle clé dans l'accompagnement des équipes pour les rendre autonomes tout en répondant aux besoins techniques et scientifiques des projets.
DESCRIPTIF DES ACTIVITÉS
1) Accompagnement et conseil scientifique
- Soutenir les équipes de biologie du site des Grands Moulins (BFA, EDC, IJM) dans la définition des analyses nécessaires pour répondre à leurs questions biologiques, depuis la conception des projets jusqu'à la valorisation des résultats.
- Fournir des recommandations sur les techniques de séquençage (type, profondeur, para-mètres) et les stratégies analytiques adaptées, en favorisant une approche collaborative et l'autonomie des équipes.
- Aider les utilisateurs à comprendre et exploiter efficacement les outils bioinformatiques disponibles pour leurs analyses.
2) Support technique collaboratif
- Accompagner les utilisateurs dans la résolution des difficultés techniques en bioinforma-tique, tout en leur apportant les outils nécessaires pour gagner en autonomie.
- Accompagner les utilisateurs dans l'utilisation du cluster et les assister pour résoudre les problèmes rencontrés.
- Prendre en charge, si nécessaire, des étapes spécifiques d'analyses complexes, tout en trans-férant les compétences pour pérenniser l'expertise au sein des équipes.
3) Formation et transfert de compétences
- Former les membres des équipes à l'utilisation des outils bioinformatiques et à l'interprétation des résultats, en favorisant leur montée en compétences.
- En coordination avec les autres intervenants d'iPOP-UP, proposer des sessions de formation ou des ateliers pour renforcer l'autonomie des équipes sur des outils ou méthodes spéci-fiques.
- Participer à la formation et aux conseils à l'utilisation du cluster et sa documentation.
4) Conception et diffusion méthodologique
- Mettre en place et adapter des pipelines bioinformatiques en collaboration avec les cher-cheurs, en s'assurant de leur appropriation par les équipes.
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