Rejoignez l'Ifremer pour un océan mieux compris, mieux protégé qui demeure un allié du bien-vivre sur la planète
Des abysses à la surface, de la côte au large, l'Ifremer est l'institut de recherche français entièrement dédié à l'Océan. Ses équipes mènent des recherches, innovent et produisent des expertises pour protéger l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable et partager les données marines.
L'Ifremer apporte son expertise scientifique pour éclairer les politiques publiques et élabore des solutions puisées dans l'océan pour répondre aux enjeux de la transition écologique. Opérateur de la Flotte océanographique française avec sa filiale d'armement Genavir, l'Ifremer imagine, conçoit et déploie des moyens technologiques de pointe pour percer les mystères de l'océan.
Rejoignez nos équipes, composées de 1500 scientifiques et métiers supports à la recherche, et présentes sur tout le littoral métropolitain et en Outre-mer.
www.ifremer.fr
Date de clôture de réception de candidatures : 26/05/2026
Qui sommes-nous ?
Le département IRSI est en charge des systèmes d'information - de gestion et de recherche - de l'Ifremer. A ce titre, il assure des services et réalise des projets dans le but de développer, programmer et renouveler l'ensemble des ressources informatiques, matérielles et logicielles, nécessaires :
- au fonctionnement général de l'Institut, à sa communication, interne et externe, et à la sécurité de ses systèmes d'information ;
- à la mise en oeuvre des infrastructures de recherche dont l'Institut a la responsabilité ;
- à la gestion des données et informations scientifiques que l'Institut acquiert, rassemble, analyse ou diffuse en tant qu'institut national de référence en sciences et technologies marines.
Au sein du département IRSI, le SeBiMER est le service de bioinformatique de l'Ifremer, créé en 2019. Le SeBiMER accompagne les équipes de recherche de l'Ifremer dans leurs projets bioinformatiques, de la définition des questions scientifiques à la valorisation des résultats. Ses expertises couvrent notamment le métabarcoding, la métagénomique, la transcriptomique, l'assemblage et l'annotation de génomes. Le SeBiMER développe et maintien des workflows et outils bioinformatiques, administre la plateforme Galaxy de l'institut, et assure la gestion et la bancarisation des données bioinformatiques. Il propose également des formations, de l'assistance et un accompagnement scientifique aux utilisateur·ices de l'Institut.
Le poste s'inscrit également dans le contexte du Centre Atlantique de l'Ifremer, dont le site principal est situé à Nantes et qui comprend les stations de Bouin, La Tremblade et Arcachon. Acteur majeur des sciences marines en Pays de la Loire et en Nouvelle-Aquitaine, le Centre Atlantique mène des activités de recherche, d'innovation et d'observation de l'environnement marin, en appui à une gestion durable des ressources et des écosystèmes. La personne recrutée aura vocation à interagir avec les unités et stations du Centre Atlantique, notamment à Nantes et La Tremblade.
Vous serez localisé·e sur le centre Ifremer de Nantes et placé·e sous la responsabilité du chef du service de bioinformatique (SeBiMER) à Brest. En coordination avec l'ensemble de l'équipe SeBiMER (Brest et Montpellier), que vous viendrez renforcer, vous jouerez un rôle clé d'interface et d'animation auprès des unités de recherche du Centre Atlantique, dans les domaines de la biostatistique, bioanalyse et bioinformatique. À ce titre, vous assurerez une présence scientifique proactive, favoriserez les échanges et contribuerez à la dynamique collective.
Quelle sera votre mission ?
- Vous participerez au traitement des données omiques, méta-omiques et multi-omiques en proposant des outils bio-informatiques et biostatistiques adaptés aux projets de recherche des unités du Centre Atlantique.
- Vous contribuerez à la valorisation des résultats ainsi qu'à la gestion et à la dissémination de ces données, en coordination avec le reste du service SeBiMER.
- Vous participerez au montage de projets collaboratifs sur les thématiques des laboratoires ainsi qu'à l'encadrement d'étudiant·e·s.
- Vous prendrez part activement à l'animation scientifique locale en bioinformatique, en favorisant l'émergence de projets, le partage de bonnes pratiques et la montée en compétences des équipes, tout en assurant un lien fonctionnel étroit avec le reste du SeBiMER.
Quelles seront vos activités ?
- Accompagnement des unités du Centre Atlantique dans le montage et suivi des projets sur le volet biostatistique et bioinformatique :
- Participation aux réunions scientifiques ;
- Animation des échanges avec les biologistes et chimistes ;
- Participation au montage de projet et à la définition du plan expérimental ;
- Interprétation et synthèse des données obtenues ;
- Présentation des résultats ;
- Rédaction des comptes-rendus et rapports scientifiques ;
- Accompagnement et animation scientifique des équipes de recherche de l'Institut, en particulier du centre Atlantique, autour des approches biostatistiques et bioinformatiques, notamment :
- En prenant en charge et/ou en participant au support des analyses de données de type metabarcoding, metagenomique, metatranscriptomique, protéomique et metabolomique en y apportant des solutions biostatistiques ;
- En sélectionnant et mettant au point des pipelines d'analyses adaptés aux projets pris en charge notamment en termes d'analyses multi-omiques et/ou méta-omiques ;
- En préparant, coordonnant et animant des formations thématiques à destination des équipes de recherche ;
- En contribuant à la diffusion des bonnes pratiques de gestion des données omiques auprès des équipes de recherche ;
- En participant à la valorisation des résultats (publications scientifiques, conférences ) ;
- Contribution aux missions du service de bioinformatique SeBiMER :
- Participation aux activités de bioanalyse, de support, de développement et de gestion de données ;
- Participation à un réseau d'interlocuteurs scientifiques national sur le volet bioinformatique ;
- Partage et mutualisation des méthodes d'analyse, des outils et des retours d'expérience ;
Avec qui travaillerez-vous ?
- En interne :
- Membres du SeBiMER, des autres services du département IRSI, notamment les équipes en charge du supercalculateur Datarmor et de la gestion de données SISMER ;
- Unités de recherche Ifremer, en premier lieu les unités du centre Atlantique et scientifiques des UMRs qui collaborent avec l'Ifremer.
- En externe :
- Plateformes bio-informatiques françaises.
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