Post-doctorant-e f/h

Résumé du poste Un poste de chercheur postdoctoral d’une durée de 18 mois est disponible dès avril 2026 à l’Institut Cochin, un centre de recherche biomédicale à Paris (France) affilié à la Faculté de Santé de l’Université Paris Cité. Ce projet, faisant partie d’un projet financé par le Conseil Européen de la Recherche (ERC) intitulé « Menstrual fluid multi-omics analysis to better diagnose, understand and treat endometriosis», coordonné par Ludivine Doridot, vise à utiliser la biologie computationnelle pour mieux comprendre la physiopathologie de l’endométriose, à travers l’analyse de données transcriptomiques générées à partir du sang menstruel de femmes avec et sans endométriose, afin d’identifier de potentiels biomarqueurs de cette maladie gynécologique fréquente mais mal connue et reconnue Présentation de l’EQUIPE d’accueil du poste Le ou la post-doctorant·e travaillera dans le groupe de Ludivine Doridot, focalisé sur l’endométriose et l’immunologie de la reproduction, au sein de l’équipe « Pathogénie et traitements innovants des maladies fibro-inflammatoires chroniques », et bénéficiera de l’expertise de plateformes technologiques de pointe (notamment Génomique/NGS, Bioinformat’IC). L’endométriose est une maladie gynécologique hétérogène qui touche environ 1 femme sur 10 et dont le diagnostic prend en moyenne 8 ans. Les principaux symptômes sont des douleurs pelviennes ainsi que des douleurs lors des rapports sexuels. De plus, les patientes atteintes peuvent présenter des problèmes de fertilité et ont un risque accru de fausse couche. L’endométriose se définit par la présence de tissu endométrial en dehors de la cavité utérine, appelé lésions. La menstruation rétrograde (écoulement du sang menstruel à travers les trompes de Fallope vers la cavité péritonéale) est considérée comme un mécanisme clé de la pathogenèse. Des anomalies de l’endomètre et du système immunitaire jouent probablement également un rôle. Notre objectif est d’identifier des biomarqueurs candidats de la maladie dans le sang menstruel de femmes atteintes ou non d’endométriose, celui-ci contenant l’ensemble des principaux types cellulaires impliqués. Malgré sa pertinence, le sang menstruel a longtemps été négligé en tant que fluide biologique d’intérêt pour la santé des femmes. Nous avons généré des jeux de données de protéogénomique et de transcriptomique à l’échelle unicellulaire ou sur population cellulaire isolées à partir du sang menstruel de donneuses. Le ou la post-doctorant·e sera responsable d’une partie de leur analyse, ainsi que du développement d’algorithmes d’apprentissage automatique supervisé afin d’identifier et de prioriser des biomarqueurs d’intérêt. Missions et activités Missions du poste La personne recrutée au poste de post-doctorant·e sera chargée de l’analyse de jeux de données de protéogénomique en cellule unique disponibles, en collaboration avec un·e post-doctorant·e biologiste expérimental·e. Encadrement : Possible Activités principales Elle sera également responsable de l’intégration de jeux de données de RNA-seq « bulk » issus de types cellulaires isolés, sur une cohorte bien caractérisée (données cliniques), afin de prioriser des candidats biomarqueurs à l’aide d’analyse différentielles, l’optimisation de méthodes de déconvolution et/ou d’algorithmes d’apprentissage automatique Le/la post-doctorant·e devra être en mesure d’interpréter de manière critique ses propres résultats, de rédiger des articles scientifiques et de présenter ses travaux lors de réunions et congrès scientifiques aux niveaux local, national et international. Il/elle contribuera également à la formation et à l’encadrement de jeunes chercheurs, notamment d’étudiant·e·s de master et de doctorat Compétences et aptitudes professionnelles requises Connaissances : Connaissance en biologie Connaissance en bio informatique Connaissance en biostatistiques Connaissance des outils d’analyses bio informatiques utilisés en t.r.a.n.s.c.r.i.p.t.o.m.i.que Savoir-faire : Solide expérience en biologie computationnelle, avec des compétences démontrées en analyse de t.r.a.n.s.c.r.i.p.t.o.m.i.que unicellulaire sur des données humaines. Une expérience en t.r.a.n.s.c.r.i.p.t.o.m.i.que globale (b.u.l.k), en méthodes de déconvolution et/ou en algorithmes prédictifs serait un plus. Maîtrise de l’anglais à l’oral et à l’écrit. Une expérience dans le domaine de la gynécologie, de l’endométriose ou de la reproduction n’est pas requise. Savoir-être : Rigoureux(se), autonome, innovant(e) et motivé(e), avec de bonnes compétences en communication pour collaborer efficacement au sein de notre équipe interdisciplinaire (biologistes expérimentaux et computationnels, médecins). Outils spécifiques à l’activité RAS Formation et expérience nécessaires Doctorat (P.h.D) en biologie computationnelle ou dans un domaine proche. Contraintes liées au poste : RAS Ancrée au cœur de la capitale, l’Université Paris Cité est une université de recherche intensive, omnidisciplinaire, labélisée IdEx, avec une forte dimension professionnalisante. Elle se positionne au meilleur niveau international pour le rayonnement et l’originalité de sa recherche, la diversité et l’attractivité de ses parcours de formation, sa capacité d’innovation et sa participation active à la construction de l’espace européen de la recherche et de la formation. Université à impact positif pour la société, l’Université Paris Cité a fait de la « santé planétaire » sa signature : « des êtres humains en bonne santé, au sein de sociétés en bonne santé, sur une planète en bonne santé ». Lauréate de nombreux appels à projet d’investissements d’avenir (PIA), l’Université Paris Cité s’appuie sur les compétences et l’engagement de l’ensemble de ses communautés académiques, administratives et techniques, et sur le dynamisme de sa communauté étudiante, pour développer des projets de recherche et de formation à forte valeur ajoutée, et former les citoyennes et les citoyens de demain, dans un monde en transition. L’Université Paris Cité comprend trois Facultés (de Santé, des Sciences, et Sociétés & Humanités), auxquelles sont rattachées 24 composantes et 110 unités de recherche, et intègre un établissement-composante, l’Institut de physique du globe de Paris (IPGP), et un organisme de recherche associé, l’Institut Pasteur. Elle compte plus de 63 000 étudiants, 4 773 enseignants et enseignants- chercheurs ainsi que 2 767 personnels administratifs et techniques. Forte de la grande diversité et de l’excellence de ses domaines disciplinaires alliant les sciences formelles, naturelles et expérimentales, les sciences humaines et sociales, et la santé, l’université Paris Cité a fait de l’interdisciplinarité un marqueur essentiel de son identité et de sa signature « santé planétaire ». Dans une démarche d’amélioration continue au service de son projet d’établissement, l’Université Paris Cité se dote de schémas directeurs et de plans d’action pour asseoir sa responsabilité sociétale et environnementale, et notamment s’engager pour les égalités et lutter contre toute forme de discrimination et de violence, agir pour la qualité de vie au travail et la transition écologique, et renforcer l’expérience étudiante Rejoindre l’Université Paris Cité, c’est faire le choix de l’exigence et de l’engagement au service de valeurs fortes : celles du service public, de la rigueur scientifique et intellectuelle, de l’innovation, du dialogue, de l’ouverture aux autres et au monde.