Topic description
Les maladies virales représentent un risque sanitaire de premier plan, chez l'homme et l'animal, incluant notamment la menace zoonotique. L'identification et le typage rapide et robuste des agents viraux est une priorité scientifique et médicale et fait appel à des « pipelines » d'analyse qui associent les technologies de séquençage innovantes aux algorithmes bioinformatiques pour assembler, annoter et comparer les génomes viraux.
Le projet METAVIRAL vise à développer et évaluer un système de surveillance des émergences basé sur des protocoles de métagénomique clinique faisant appel aux technologies de séquençage de 3ème génération, depuis la prise en charge d'échantillons biologiques issus de différentes matrices jusqu'à la validation biologique des résultats. Le projet de thèse (laboratoires IHAP et MIAT) portera sur l'identification sans a priori de virus et sur l'évaluation de leurs capacités d'émergence.
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Viral diseases represent a major health risk in both humans and animals. The rapid and robust identification and typing of viral agents is a scientific and medical priority and requires pipelines that combine molecular biology technologies and bioinformatics algorithms to assemble, annotate, and compare genomes.
The METAVIRAL project aims to develop and evaluate a surveillance system based on clinical metagenomics protocols using third-generation sequencing technologies, from the collection of biological samples to the biological validation of a result. The thesis project (IHAP and MIAT labs) will focus on the unbiased identification of viruses in different matrices.
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Début de la thèse : 01/11/
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Plan Investissement d'Avenir (Idex, Labex)
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