Post-doctorat : microbiologie des altérations alimentaires et outils moléculaires innovants

Informations générales Organisme de rattachement INRAE Centre Pays de la Loire Référence 2025-2139214 Date de début de diffusion 17/12/2025 Date de parution 17/12/2025 Intitulé long de l'offre Post-doctorat : Microbiologie des Altérations Alimentaires et Outils Moléculaires Innovants (Conception de la Base de Données SpoiLog) Date limite de candidature 15/01/2026 Employeur INRAE Nature du contrat CDD de 2 ans Versant Fonction Publique de l'Etat Catégorie Catégorie A (cadre) Nature de l'emploi Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels Domaine / Métier Recherche - Experte / Expert en expérimentation, instrumentation et techniques biologiques Statut du poste Vacant Intitulé du poste Post-doctorat : Microbiologie des Altérations Alimentaires et Outils Moléculaires Innovants Descriptif de l'employeur L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes. Descriptif du service SECALIM (SECurité des ALIments et Microbiologie) est une Unité Mixte de Recherche (UMR1014) INRAE/Oniris qui exerce ses activités dans le domaine de la sécurité microbiologique des aliments. La mission de SECALIM est de produire et diffuser des connaissances et des méthodes scientifiques dans le domaine de la sécurité microbiologique des aliments pour répondre aux demandes sociétales de santé publique et de maîtrise des pertes alimentaires. Ses actions de recherche visent à caractériser et maîtriser le risque microbien (sanitaire et d’altération) dans les aliments. Les compétences mises en œuvre dans l’unité combinent de la microbiologie classique et moléculaire, de la microbiologie prévisionnelle et de l’appréciation quantitative des risques. Une des finalités de ces travaux est de contribuer à l’apport de moyens de maîtrise innovants à destination des professionnels ou des autorités de contrôle pour assurer la sécurité microbiologique des aliments. Description du poste Description du sujet Les flores d’altération des aliments sont à l’origine d’accidents de fabrication (modification de la couleur des aliments, de l’odeur, du goût, de la texture, gonflements des emballages, etc.), les rendant impropres à la consommation, et constituant un facteur limitant majeur de la durée de vie commerciale des produits alimentaires. Depuis début 2023, cette notion de denrées impropre est renforcée en France par le Guide de gestion des alertes alimentaires qui prévoit désormais une notification des produits impropres à la consommation. En se développant sur les denrées alimentaires, les flores d’altération vont donc provoquer des pertes considérables dans l’industrie agroalimentaire (gaspillage alimentaire, impact économique, impact écologique, perte de compétitivité). En Europe, on estime à 30 % la part de production alimentaire gâchée, dont 25% seraient attribués à l’altération microbiologique. Le phénomène est accentué par la tendance Clean Label Greener Biocide, la réduction et recyclabilité des emballages, la réduction de sel. Actuellement, il existe très peu de méthodes normalisées pour identifier l’organisme responsable de l’altération et surveiller les procédés. Il n’existe pas non plus d’offre adaptée à chaque niveau de besoin et peu ou pas d’accompagnement pour les industriels de l’agroalimentaire : qualification du problème, identification des altérants, accompagnement jusqu'à la mise en place de moyens de maîtrise adaptés (challenge tests, validation procédés). Le projet SpoiLog vise à développer une base de données numérique, ergonomique, multi-filières pour guider les industriels dans la maîtrise des problématiques liées aux flores d’altération, à générer de nouvelles données expérimentales, à identifier les techniques de séquençages les plus appropriées aux enjeux de l'altération et à développer une méthode d'investigation agile à l'attention des industriels de l'agroalimentaire pour la maîtrise des problématiques liées aux flores microbiennes d’altération dans les aliments classiques et innovants (à base de protéines végétales). Dans le cadre du projet SpoiLog, nous recrutons un.e post doctorant.e au sein de l’UMR SecAlim 1014 INRAE-Oniris, dont la mission sera de générer de nouvelles données expérimentales sur la caractérisation des flores d’altération pour des matrices actuellement peu documentées (conventionnelles & alternatives végétales). Ces nouvelles données viendront alimenter et consolider la base de données SpoiLog nouvellement créée. Pour ce faire, il/elle mettra en œuvre des outils de microbiologie classique et également développera des outils innovants de microbiologie moléculaire (full length 16S / ITS metabarcoding) ainsi que des méthodes de quantification des populations bactériennes et fongiques altérantes (qPCR / PMA-qPCR). Le/la post-doctorant·e jouera un rôle clé dans la structuration d’un outil inédit en France pour la prévention des altérations microbiologiques. Descriptif du profil recherché Titulaire d'un doctorat en microbiologie alimentaire ou écologie microbienne ou assimilé, la personne recrutée devra justifier de compétences solides en microbiologie et en écologie microbienne des aliments ainsi que dans les domaines de la génomique, de la génétique microbienne et de la bio-informatique, et éventuellement des méthodes statistiques appliquées à l’analyse des communautés et de leurs interactions. Des connaissances sur les filières de production et les procédés de transformation alimentaires ainsi que sur les problématiques liées à l’altération microbiologique des aliments seront appréciées. Le/la candidat.e devra également avoir des compétences transverses (gestion de projet, communication, travail en équipe, collaboration, maitrise de l’anglais, capacités rédactionnelles et organisationnelles). Son parcours (doctoral, post-doctoral) permettra de démontrer son intérêt pour la recherche finalisée, son autonomie, son adaptabilité et sa polyvalence, ainsi que sa capacité à développer un réseau de collaborations nationales et internationales. Rémunération contractuels (en € brut/an) entre 3 135€ et 3 559€ brut/mo Informations complémentaires Informations complémentaires Le contrat post-doctoral, d’une durée de 18 mois renouvelable, débutera en février 2026. Eléments à fournir pour la candidature Il sera indispensable de fournir pour tout dépôt de candidature : - Un CV complet et détaillé, en particulier sur le niveau d’expérience des prérequis demandés - Lettre de motivation - Mémoire de thèse (si non confidentiel). - Recommandations ou coordonnées de personne(s) à contacter pour recommandation - Diplôme de doctorat et le cas échéant attestation.s de stage.s post-doctoral.s. Localisation du poste Europe, France, Pays de La Loire, Loire Atlantique (44) Lieu d'affectation (sans géolocalisation) 44300 NANTES Critères candidat Niveau d'études / Diplôme Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents Date de vacance de l'emploi 01/02/2026 Mail à qui adresser les candidatures (bouton postuler) emmanuel.jaffres@oniris-nantes.fr Contact 1 emmanuel.jaffres@oniris-nantes.fr Contact 2 boris.misery@oniris-nantes.fr