Bioinformaticienne / bio-informaticienne (h/f)

Bioinformaticien.ne (CDD)
Développement d'un pipeline de metabarcoding et analyse comparative short/long reads

Environnement de travail, missions et activités
Dans le cadre d'un projet de recherche portant sur la biodiversité environnementale, le plateau de Bioinformatique et Génomique (BIG) de l'unité Institut Sophia Agrobiotech (ISA) recrute un-e bioinformaticien-ne pour concevoir et mettre en œuvre un pipeline d'analyse en metabarcoding. Le projet vise à comparer les performances de lectures courtes (Illumina) et longues (PacBio) sur les mêmes échantillons environnementaux ainsi qu'analyser les résultats obtenus.

Missions principales :
1. Concevoir, développer et documenter un pipeline bioinformatique reproductible pour le traitement des données de metabarcoding (démultiplexage, contrôle qualité, assemblage, clustering/ASV, assignation taxonomique).
2. Adapter les étapes d'analyse aux spécificités des short reads et long reads, avec comparaison des performances (diversité alpha/bêta, résolutions taxonomiques, erreurs, etc.).
3. Effectuer des analyses statistiques et visuelles des résultats (diversité, composition, abondances, clustering).
4. Interpréter des résultats en lien avec les partenaires du projet.
5. Rédiger des rapports et de la documentation.
6. Contribuer à la valorisation scientifique (publications, présentations).

Formation et compétences recherchées
- Formation : Master 2, doctorat ou expérience équivalente en bioinformatique.
- Expérience en analyse de données de séquençage haut débit, idéalement en métabarcoding (16S, ITS, COI, etc.).
- Connaissance des outils bioinformatiques standards du domaine : DADA2, QIIME2, etc.
- Compétences en analyse statistique et visualisation (R, ggplot2, phyloseq...).
- Maîtrise d'un ou plusieurs langages de scripting (Python, R, Bash).
- Bonne connaissance des environnements Linux, des outils de gestion de versions (Git), et des workflows (Snakemake, Nextflow, etc.).
- Capacité à travailler de façon autonome.
- Capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire et à documenter les analyses.
- Rigueur, sens de l'organisation et goût pour le travail reproductible.

Votre qualité de vie à INRAE
En rejoignant INRAE, vous pourrez bénéficier selon le type de contrat :
- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.