Assistant·e ingénieur·e en séquençage ngs h/f

L'École normale supérieure de Lyon produit une recherche de haut niveau dans ses 25 laboratoires et forme par la recherche quelque 2500 étudiants dont 500 doctorants. Elle compte environ 550 enseignants, enseignants-chercheurs et chercheurs et 600 personnels administratifs et techniques.

Dans le classement de Shanghai et QS, elle se classe au 1er rang des établissements français en termes de performance per capita.

Son objectif est d'avoir un impact significatif en matière de recherche, d'innovation et de transfert de technologie tout en irriguant la fonction publique et le monde socio-économique de diplômés rompus à la complexité, capables de produire et transmettre des savoirs.

L'ENS de Lyon met ses ressources au service d'une vision ouverte de la société et des enjeux contemporains qu'elle veut éclairer.

Son budget annuel est d'environ 150 M €.

L'ENS de Lyon est une école dynamique, où la qualité de vie au travail, le développement durable et l'égalité professionnelle représentent des dimensions centrales. L'Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL UMR5242, http://igfl.ens-lyon.fr) a développé depuis 2012 une plateforme de séquençage d'ADN haut-débit nommée PSI (pour plateforme de séquençage NGS de l'IGFL, ). Aujourd'hui, celle-ci est en plein essor : active dans le développement technologique, maîtrisant de nombreuses applications de séquençage (DNAseq, RNAseq, miRNAseq, DualRNAseq, ChIPseq, Bisulfite-seq, séquençage grands fragments, ), la plateforme possède un parc machine présentant les technologies clés du marché (Illumina et Oxford Nanopore Technologies). Pour poursuivre son développement et répondre aux besoins croissants de séquençage des utilisateurs académiques et privés, et conduire les projets de collaboration de recherche dans lesquels elle est impliquée, la plateforme recherche un-e Assistant-e ingénieur-e (AI), expert-e du domaine de séquençage NGS.

Relation hiérarchique

Cette personne sera placée sous la responsabilité directe des responsables scientifiques et techniques de la plateforme NGS, Sandrine Hughes et Benjamin Gillet, et dépendra administrativement de la direction de l'IGFL.

Relations fonctionnelles

La personne recrutée devra interagir avec les membres de la plateforme et les différents utilisateurs, qu'ils soient membres de l'IGFL ou extérieurs (large panel d'interlocuteurs : chercheurs statutaires, post-doctorants, étudiants, personnels techniques).

Mission

Biologiste moléculaire, l'Assistant-e Ingénieur-e (AI) devra adapter et mettre en oeuvre les techniques spécifiques de séquençage NGS, et en particulier sur plateforme Illumina (NextSeq500, MiSeq) et Oxford Nanopore Technologies (PromethION P2) pour réaliser des projets de la plateforme. L'AI réalisera les différentes étapes de projets de séquençage dans le cadre de collaborations de recherche et prestations : de la préparation des échantillons (extraction, purification et qualification des acides nucléiques, PCR, qPCR), à la construction des banques et jusqu'à l'acquisition des données de séquençage à haut débit. En particulier, il/elle devra maîtriser le bon fonctionnement des différents équipements spécifiques au séquençage NGS (des outils de quantification et qualification des acides nucléiques aux séquenceurs). La personne recrutée sera impliquée dans le bon fonctionnement général de la plateforme en étant impliquée dans des actions d'intérêt collectif (gestion des stocks et des équipements, relation avec le magasin central et les fournisseurs). Elle aura des interactions avec les autres membres de l'équipe, les services communs et des interlocuteurs extérieurs, en particulier les collaborateurs des projets dans lesquels la plateforme est impliquée. Elle aura un rôle important pour l'organisation de l'équipe, en tant que soutien technique. L'AI pourra également travailler en milieu confiné dans les salles « propres » de la plateforme PSI dans le cadre de projets spécifiques ou être amené-e à réaliser des expérimentations ponctuelles dans un laboratoire partenaire situé sur le campus universitaire de la DOUA (Villeurbanne).

Activités

- Participer à la réalisation des projets scientifiques (collaborations de recherche, contrats industriel, ANR, prestation de service, ) et aux développements technologiques de la plateforme;

- Gérer et conduire des projets de séquençage de routine;

- Rédiger les comptes rendus des expérimentations réalisées et les fichiers de synthèse des résultats obtenus;

- Présenter ses résultats expérimentaux ;

- Synthétiser les procédures techniques et les protocoles appliqués ;

- Participer à la gestion et l'organisation générale de la plateforme (gestion des stocks, suivi du matériel, maintenance des équipements, gestion des échantillons) ;

- Assister les utilisateurs dans l'utilisation des équipements spécifiques de la plateforme ;

- Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en oeuvre des techniques NGS les utilisateurs (personnel IGFL et extérieurs, chercheurs, Post-doc, ITA, stagiaires, académiques et privés) accueillis au sein de la plateforme ;

- Réaliser une veille technologique dans le domaine du séquençage haut-débit.