Le CHU de Besançon recrute un ingénieur de recherche hospitalier au sein du pôle Biologie Anatomie et Pathologie (BAP) qui est un pôle médicotechnique. C'est un poste en CDD d'un an renouvelable à temps plein à pourvoir au mois de septembre. Il s'agit d'un recrutement sur la grille d'ingénieur hospitalier de catégorie A.
L'ingénieur de recherche hospitalier aura pour missions l'expérimentation, l'interprétation des données et la rédaction de rapports et publications pour le WP3 « Contamination de la nourriture conséquences dans le microbiote digestif » du projet MEHTA « Gestion des zones environnementales sensibles et transmission de la résistance aux antimicrobiens »
Le projet MEHTA est financé par l'ANR Programme Prioritaire de Recherche français (PPR) sur la résistance aux antibiotiques. Le WP3 durera 24 mois, de septembre 2024 à avril 2026.
Il y a un besoin urgent d'établir les conséquences de l'ingestion de légumes obtenus après irrigation avec des eaux usées. Ces légumes sont enrichis en antibiotiques et probablement avec des gènes de résistance aux antibiotiques (GRAs). Dans les pays industrialisés, les hommes acquièrent les GRAs principalement à partir d'autres hommes mais aussi par la nourriture. Nous faisons donc l'hypothèse que des traces d'antibiotiques apportés par la
consommation de légumes irrigués avec des eaux usées (i) vont compenser le coût biologique de la résistance aux antibiotiques (ii) casse la résilience du microbiote intestinal et (3) favorise l'implantation des GRAs provenant des légumes et des hommes dans le microbiote digestif de l'hôte.
Pour tester cette hypothèse, le post-doctorant devra :
- Réaliser des expérimentations ex-vivo en utilisant des bioréacteurs alimentés par les récoltes alimentaires seules (irriguées avec de l'eau propre et des eaux usées traitées ou non par un traitement tertiaire) ou en combinaison avec des bactéries résistantes aux antibiotiques (BRAs) (Escherichia coli productrices de bêta-lactamases, Klebsiella pneumoniae productrices de carbapénémases)
- Évaluer l'abondance et le contexte génétique des BRAs par qPCR et séquençage
long-read, respectivement
- Explorer l'effet des légumes irrigués avec les eaux usées sur la composition du
microbiote digestif, sa diversité et sa richesse seront explorés par séquençage
métagénomique 16S avec le support de la plateforme de bioinformatique 2B2S
- Explorer l'impact de l'exposition aux antibiotiques, en particulier à des niveaux
maximum de résidus dans la nourriture, sur la dynamique des gènes des eaux
irriguées dans l'intestin
- Présenter les avancées du projet et les résultats durant des réunions d'équipe et des congrès
Diplôme : Bac +8, doctorat en science, spécialité microbiologie
Expérience : Thèse de science en microbiologie
Temps de travail : temps plein
Horaire de travail : Forfait cadre, selon règlement intérieur de l'établissement
Environnement : Laboratoire d'hygiène hospitalière et plateforme 2B2S au CHU, et déplacements au laboratoire de recherche de l'UFR Santé
Experience: Débutant accepté
Compétences: Déterminer et développer les méthodes de recherche, de recueil et d'analyse de données,Analyser, exploiter, structurer des données,Relever, contrôler, ajuster des mesures et dosages,Réaliser et vérifier des calculs de mathématiques généraux ou appliqués
Qualification: Cadre
Secteur d'activité: Activités hospitalières
Liste des qualités professionnelles:
Faire preuve d'autonomie : Capacité à prendre en charge son activité sans devoir être encadré de façon continue (le cas échéant, à solliciter les autres acteurs de l'entreprise).
Faire preuve de rigueur et de précision : Capacité à réaliser des tâches en suivant avec exactitude les règles, les procédures, les instructions qui ont été fournies, sans réaliser d'erreur et à transmettre clairement des informations. Se montrer ponctuel et respectueux des règles de savoir-vivre usuelles.
Organiser son travail selon les priorités et les objectifs : Capacité à planifier, prioriser, anticiper des actions, en tenant compte des moyens, des ressources, des objectifs et du calendrier pour les réaliser.
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