Missions : La personne recrutée aura pour mission de traiter et analyser des données issues des systèmes de surveillance épidémiologique de Santé publique France, en couvrant l’ensemble des étapes : gestion et structuration des bases de données, développement et optimisation de scripts, construction d’indicateurs épidémiologiques à l’aide de méthodes statistiques ou de data science, ainsi que la restitution de ces indicateurs sous forme de bulletins ou de tableaux de bord. Les données traitées pourront provenir de systèmes de surveillance spécifiques ou non spécifiques et concerner des thématiques variées, qu’il s’agisse de populations générales ou spécifiques, de pathologies ou de déterminants de santé. Une attention particulière sera portée sur le développement et le maintien d’outils et de processus permettant de produire, en temps réel et de manière réactive, des indicateurs essentiels en situation d’alerte ou de crise sanitaire. Le titulaire du poste contribuera également à l’innovation méthodologique en participant à la conception et à l’implémentation de méthodes et d’outils avancés pour le traitement des données de santé. Ce rôle implique une collaboration étroite avec des équipes pluridisciplinaires (épidémiologistes, biostatisticiens, etc.) et une contribution active à la veille technologique et scientifique, afin de renforcer la capacité de l’agence à répondre aux enjeux actuels et émergents en santé publique. La restitution des résultats, sous forme de rapports, de visualisations ou de présentations, sera un aspect clé du poste, tout comme la formation et l’accompagnement des équipes à l’utilisation des outils développés. Les principaux outils et technologies mobilisés incluent : Langages de programmation : Python / R / SAS ; Rapports automatisés : Rmarkdown / Quarto ; Environnement collaboratif : GitLab (versioning, intégration continue, gestion des issues) ; Automatisation et orchestration : Apache Airflow (déploiement, supervision des workflows), Docker ; Formats et bases de données : PostgreSQL, fichiers Parquet, CSV Environnements de développement : VS Code, R Studio, IA Mistral ; Traitement intensif : Apache Spark via serveurs sécurisés de calcul haute performance (en cours de construction). La personne recrutée pourra être amenée à représenter Santé publique France dans des instances nationales et internationales, lors d’échanges scientifiques ou institutionnels. Elle encadrera également des stagiaires de niveau Master 2, des internes de santé publique et des doctorants sur des thématiques liées à l’ingénierie et à la science des données. Enfin, elle participera à la continuité d’activité par le biais de permanences hebdomadaires et d’astreintes de week-end, et pourra être sollicitée pour contribuer à toute activité relevant des missions de l’Agence, notamment en situation d’urgence ou de crise. Ingénieur/Master ou Doctorat de Science dans le domaine de la data sciences, du traitement des données ou des biostatistiques. Une expérience professionnelle d’au moins 3 ans en tant que Data Engineer / Scientist ainsi qu’une bonne connaissance du secteur de la santé publique/épidémiologie est souhaitable. Aptitudes et compétences : Il est attendu pour ce poste : Très bonne maîtrise de la programmation sous Python et/ou R. Maîtrise des pipelines de données, de l’automatisation des traitements et des méthodes de modélisation de données avancés. Connaissance des modèles statistiques usuels en épidémiologie : Modèles linéaires généralisés (GLM) et ses dérivés (GAM, GLMM, GAMM…), modèles marginaux (GEE), modèles de survie … Connaissances en Machine Learning, incluant la conception, l’entraînement et l’évaluation de modèles prédictifs ou descriptifs (supervisés et non supervisés), ainsi que la capacité à adapter ces méthodes aux spécificités et besoins métiers. Connaissances en bases de données relationnelles et en programmation SQL (PostrgreSQL). Bonnes Connaissances des outils de reporting et de DataViz modernes (Shiny, Quarto, Superset …). Connaissances des outils d’automatisation et orchestration (Apache Airflow, Gitlab). Connaissance de l’environnement LINUX. Il est attendu pour ce poste les compétences suivantes : Conduite de projet Autonomie et force de proposition Qualités relationnelles, aptitudes à la discussion et au travail d’équipe Réactivité Curiosité intellectuelle et esprit d’initiative Capacité d’anticipation, d’organisation, de réactivité et de décision Expression écrite et orale Rigueur scientifique Santé publique France est l’agence nationale de santé publique française. Etablissement public de l’Etat sous tutelle du ministre chargé de la santé et de la prévention, créé par l’ordonnance 2016-246 du 15 avril 2016, l’agence intervient au service de la santé des populations. Agence scientifique et d’expertise du champ sanitaire, elle a pour missions : 1° L'observation épidémiologique et la surveillance de l'état de santé des populations ; 2° La veille sur les risques sanitaires menaçant les populations ; 3° La promotion de la santé et la réduction des risques pour la santé ; 4° Le développement de la prévention et de l'éducation pour la santé ; 5° La préparation et la réponse aux menaces, alertes et crises sanitaires ; 6° Le lancement de l'alerte sanitaire. L’agence est organisée autour de 12 directions scientifiques, transversales ou assurant le soutien à l’activité. Les orientations stratégiques de l’agence et son programme de travail, arrêtés par son Conseil d’administration, se déclinent en trois axes : Consolider la capacité d’anticipation et de réponse réactive pour faire face aux menaces sanitaires ; Mesurer et évaluer l’ampleur des maladies et des facteurs de risques pour guider leur prévention et leur contrôle ; Renforcer l’impact sur la santé dans toutes les politiques publiques et la prévention et promotion de la santé.
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