Topic description
Objectifs:
Une approche multidisciplinairecombinera métagénomique pan-microbienne, et analyses environnementales, pour :
1. Identifier des biomarqueurs microbiens prédictifs des ICI, par l’analyse cutanée, ORL, et de selles, stratifiée selon : Le cntexte thérapeutique (bithérapies vs. immunothérapies). Le type de manifestatin (psriasiforme, eczéma, éruption).
2. Intégrer des données de pollution atmosphérique (PM2.5/PM10/NO₂) de BourgogneFranche-Comté pour étudier comment les stresseurs environnementaux modulent la composition du microbiote et la survenue des ICI.
3. Créer une biobanque translationnelle de souches cultivables, à caractériser ensuite par des tests ex vivo pour leur potentiel probiotique ou antimicrobien.
Méthodes :
Critère de jugement principal : Détecter une différence de composition (composition taxonomique, abondance relative, diversités, LEfSe- analyse linéaire discriminante) du microbiote cutané entre les patients qui vont développer un ICI (histologie à l’appui), et ceux ne vont pas en développer.
DERMABIOME utilise une approche de séquençage non-supervisé et analyse métagénomique pan-microbienne (bactéries, virus, champignons). Les prélèvements longitudinaux permettront d’identifier les inter-connexions entre dysbiose (cutanée), infections intercurrentes (ORL et digestives), et pollution atmosphérique qui peuvent influer sur le développement d’une inflammation cutanée, ouvrant la voie à des interventions thérapeutiques centrées sur la modification de colonisation microbiologique de la peau :
4. Prélèvement de microbiote cutané: écouvillon humidifié puis frotté/passé sur la peau, 50 passages; puis congélation à 80°C. Prélèvement de microbiote respiratoire: écouvillon rhinopharyngé et intrabuccal au sillon gingivo-labial [IGS1.1] puis congélation à -80°C. Des écouvillons supplémentaires sont prévus pour congélation dans un milieu glycérolé permettant un mise en culture secondaire27. Prélèvement de selles congelé pour analyse ultérieure.
5. Extraction d’ADN après lyse; kit NucleoSpin Dx virus de Macherey Nagel. Préparation de librairie, protocole développé par l’équipe MAGLAB de l’UMR U DYNAMICURE, avec le kit NEBNext Ultra II, et RNA Library Prep Kit for Illumina.
6. Séquençage non supervisé; kit illumina, cycles, reads pb en pairedend. Permet un maximum de reads théoriques de 50 millions, pour les échantillons cutanés avec faible biomasse, il est attendu une moyenne de. Un pipeline bioinformatique assemblé par le groupe de Caen permet les contaminants humains et de classifier les reads microbiens jusqu’au niveau de l’espèce.
7. Alignement taxonomique par Kraken et Bracken, puis analyses biostatistique sur R (packages Phyloseq, microeco, Decontam).
Impactattendu :
8. Scientifique : Révéler des liens entre pollution, dysbiose microbienne et inflammation cutanée
9. Clinique : Permettre un évitement ou une prédiction précoce des ICI, réduisant les interruptions de traitement (essentiel pour les patients en oncologie ou maladies autoimmunes).
10. Translationnel : Fournir dessouches microbiennes pour développement de probiotiques, bactériothérapie, et desdonnées actionnablespour la santé publique(ex. : alertes pollution).
Funding category
Public funding alone (i.e. government, region, European, international organization research grant)
Funding further details
En cliquant sur "JE DÉPOSE MON CV", vous acceptez nos CGU et déclarez avoir pris connaissance de la politique de protection des données du site jobijoba.com.