Doctorat (h/f) en développement de modèles de base pour les données multi-omiques unicellulaires

Informations générales Organisme de rattachement CNRS Référence UMR3738-DEBPHI-005 Date de début de diffusion 08/01/2026 Date de parution 22/01/2026 Date de fin de diffusion 29/01/2026 Versant Fonction Publique de l'Etat Catégorie Catégorie A (cadre) Nature de l'emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels Domaine / Métier Recherche - Chercheuse / Chercheur Statut du poste Vacant Intitulé du poste Doctorat (H/F) en développement de modèles de base pour les données multi-omiques unicellulaires Descriptif de l'employeur Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique. Description du poste Sujet de thèse : Le séquençage haut débit à cellule unique, qui extrait d’énormes quantités de données moléculaires d’une cellule, crée des opportunités passionnantes pour l’apprentissage automatique afin de répondre aux questions biologiques en suspens. Le doctorant, qui sera recruté dans le cadre de l’ERC StG MULTI-viewCELL, travaillera sur le développement de modèles de fondation multimodaux intégrant des données omiques multi-cellules ou des informations spatiotemporelles. Activités réalisées dans le cadre du doctorat : - conception d'une nouvelle méthode mathématique - veille documentaire de publications pertinentes pour le domaine - programmation/codage en Python (Pytorch) - présentation des résultats obtenus en conférence - interaction avec les membres de l’équipe et les collaborateurs internationaux Contexte : L'équipe Machine Learning for Integrative Genomics (https://research.pasteur.fr/en/team/machine-learning-for-integrative- genomics/) de l'Institut Pasteur, dirigée par Laura Cantini, travaille à l'interface de l'apprentissage automatique et de la biologie (outils développés par l'équipe : https://github.com/cantinilab). L’équipe est composée de 9 personnes : 4 doctorants, 3 post-doctorant, 1 Ingénieur de recherche et 1 assistante. L’équipe est associée au département de biologie computationnelle de l'Institut Pasteur, à l'UMR3738 et à l'Institut d'intelligence artificielle PRAIRIE. L’équipe a récemment remporté un financement ERC StG qui fait l'objet de ce recrutement. MULTIview-CELL ERC StG : https://www.ins2i.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/laura-cantini-un-projet-erc-starting-grant-linterface-entre-apprentissage-automatique-et https://research.pasteur.fr/en/project/multi-viewcell/ Conditions particulières d'exercice Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche. Descriptif du profil recherché Contraintes et risques : Travail sur ordinateur Temps plein Oui Rémunération contractuels (en € brut/an) La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel Localisation du poste Europe, France, Île-de-France, Paris (75) Géolocalisation du poste PARIS 15 Lieu d'affectation (sans géolocalisation) 75724 PARIS 15 (France) Critères candidat Niveau d'études / Diplôme Niveau 7 Master/diplômes équivalents Spécialisation Formations générales Langues Français (Seuil)