Post-doctoral researcher in bioinformatics - h/f - inserm

Le poste FR: Équipe/Responsable d'équipe L'équipe « Microbiome-Host Dynamics » fait partie de l'Institut Cochin, situé au centre de Paris, 22 rue Méchain – 75014 Paris, France. Responsable d'équipe : Lejla Imamovic https://institutcochin.fr/en/microbiome-host-dynamics Post-doc : Projet de recherche Post-doc en interactions microbiome-système immunitaire Activités principales • Conception et mise en œuvre de méthodes et de workflows computationnels pour l'analyse de données métagénomiques. • Analyse de données métagénomiques virales à l'aide d'outils de viromique computationnelle pour l'analyse de l'écologie virale. • Rédaction de publications scientifiques • Présentation des résultats du projet lors de conférences nationales et internationales • Co-encadrement des étudiants au sein du laboratoire Description du poste et environnement de travail Recherche sur le microbiome, incluant une connaissance approfondie du séquençage métagénomique, du virome, du répertoire immunitaire et de l'intégration des données ______________________________________________________________ EN: Team /Team leader Team « Microbiome-Host Dynamics » is part of the Institut Cochin located in the center of Paris, 22 rue Méchain – 75014 Paris, France. Team leader: Lejla Imamovic https://institutcochin.fr/en/microbiome-host-dynamics About the structure The Institut Cochin is a research center affiliated to INSERM, CNRS, Université Paris Cité. The Institut Cochin is composed of 35 teams and 10 core facilities. www.institutcochin.fr Post-doc : Research project Postdoc in Microbiome-Immune Interactions Activities main • Designing and implementing computational methods and workflows for analyzing metagenomic data. • Analyzing viral metagenomic data using computational viromics tools for viral ecology analysis. • Preparation of scientific publications • Presentation of project results in national and international conferences • Co-supervise students in the lab Job specification(s) and environment Microbiome research, including in-depth knowledge of metagenomic sequencing, virome, immune repertoire and data integration Profil recherché FR: Compétences • Bio-informatique • Microbiologie • Écologie • Immunologie • Maîtrise de l'anglais à l'oral et à l'écrit Savoir-faire • Participation à des projets de recherche pluridisciplinaires • Analyse générale de données métagénomiques et viromique computationnelle • Analyse statistique, • Analyse de réseaux et apprentissage automatique, • Langages de script tels que Bash, Python ou Rust, • Visualisation de données à l'aide de R ou Python • Gestion d'environnements virtuels à l'aide de conda ou de conteneurs (Docker/Singularity), • Planification HPC à l'aide de SLURM et, éventuellement, de langages de workflow tels que Nextflow et Snakemake Compétences • Rigueur scientifique • Forte motivation pour la recherche, souci du détail, esprit critique autonome et compétences rédactionnelles • Capacité à mener un projet de recherche avec un encadrement suffisant, tout en conservant l'autonomie nécessaire pour concevoir et réaliser les expériences Expériences requises • Doctorat en bio-informatique avec un intérêt marqué pour la dynamique des microbiomes et les interactions hôte-microbe Niveau de diplôme et formation Doctorat en bio-informatique Début : 01/11/2026 Durée : 14 mois, renouvelable Temps de travail : Temps plein, Nombre d'heures par semaine : 38h30, 32 jours de congés annuels et 12 jours de RTT Télétravail : * 1 à 2 jours par semaine, sur avis du supérieur hiérarchique et après les 6 premiers mois Rémunération : à partir de 2 985,82 € bruts par mois, en fonction de l'expérience professionnelle à des postes équivalents Pour postuler : Les candidats doivent envoyer leur CV, une lettre de motivation et les coordonnées de 2 références : • Lejla Imamovic _______________________________ EN: Expertise • Bioinformatics • Microbiology • Ecology • Immunology • Fluent spoken and written English Know-how • Participate in multi-disciplinary research projects • General metagenomic data analysis and computational viromics • Statistical analysis, • Network analysis and Machine Learning, • Scripting languages such as Bash,Python or Rust, • Data visualization using R or Python • Virtual environment management using conda or containers(Docker/Singularity), • HPC scheduling using SLURM and optionally workflow languages such as Nextflow and Snakemake Ability • Scientific rigor • High level of motivation for research, attention to detail, independent critical thinking, and writing skills • Conduct research project with sufficient guidance, yet enough independence to design and execute the experiments Experience(s) required • PhD degree in bioinformatics with a strong interest in microbime dynamics and host-microbe interactions Diploma level and training PhD degree in Bioinformatics Biginning: 01/11/2026 Duration: 14 month, renewable Working time: Full time, Number of hours per week: 38h30, Annual leave 32 and Rtt 12 Teleworking activities : * 1 / 2 Days Remuneration: from 2 985,82 € € gross per month depending on professional experience in equivalent positions To apply : Applicants should send their CV, letter of motivation and name of 2 references: • Lejla Imamovic Éléments nécessaires pour postuler Pour valider votre candidature, nous vous demandons de fournir les éléments suivants, vous devrez télécharger les pièces demandées directement lors de votre inscription. Toute candidature incomplète ne sera pas traitée par nos services. Document(s) : Curriculum Vitæ Lettre de motivation 75014 Paris 14e, Île-de-France