Thèse : écophysiologie des poissons

Rejoignez l'Ifremer pour un océan mieux compris, mieux protégé qui demeure un allié du bien-vivre sur la planète
Des abysses à la surface, de la côte au large, l'Ifremer est l'institut de recherche français entièrement dédié à l'Océan. Ses équipes mènent des recherches, innovent et produisent des expertises pour protéger l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable et partager les données marines.
L'Ifremer apporte son expertise scientifique pour éclairer les politiques publiques et élabore des solutions puisées dans l'océan pour répondre aux enjeux de la transition écologique. Opérateur de la Flotte océanographique française avec sa filiale d'armement Genavir, l'Ifremer imagine, conçoit et déploie des moyens technologiques de pointe pour percer les mystères de l'océan.
Rejoignez nos équipes, composées de 1500 scientifiques et métiers supports à la recherche, et présentes sur tout le littoral métropolitain et en Outre-mer.
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Date de clôture de réception de candidatures : 26/05/2026

Qui sommes-nous ?
L'unité Ifremer intégrée dans l'UMR MARBEC (MARine Biodiversity, Exploitation and Conservation) mène des travaux de recherche sur la biodiversité marine, ses usages et sa conservation. Le laboratoire Adaptation, Adaptabilité des Animaux et des Systèmes d'élevage (L-3AS), qui est l'une des composantes de cette unité, présente des approches multi- disciplinaire combinant la génétique, la physiologie, l'éthologie, l'écologie, la zootechnie et l'ingénierie des systèmes.

Quel est le sujet de la thèse ?
Effets du Tourisme sur la Physiologie des Poissons Sauvages :

Les écosystèmes côtiers méditerranéens, déjà fragilisés par la pêche, la pollution et la perte d'habitats, subissent une pression croissante liée aux activités récréatives (plongée, pêche sous-marine, navigation), particulièrement en été. Si les aires marines protégées (AMP) attirent de nombreux visiteurs, le tourisme peut aussi dégrader les habitats, favoriser la transmission de pathogènes, introduire des espèces exotiques et générer du stress chez la faune. Des modifications subtiles du comportement ou de la physiologie des poissons peuvent réduire leur croissance, leur reproduction et leur survie, mais ces effets restent peu étudiés en zones tempérées. Cette thèse, adossée au projet ANR RECREAFISH (2026-2030), analysera les impacts du tourisme sur la biologie et physiologie de deux espèces modèles, Sarpa salpa et Chromis chromis. Les travaux mesureront le stress (expression génique, cortisol dans les écailles), le métabolisme (taux de routine et réponses aux perturbations par respirométrie) et la croissance (incréments d'otolithes). Les résultats fourniront des outils pour une gestion adaptative conciliant tourisme et conservation de la biodiversité.

Quelles seront vos missions et vos activités ?

- Participation aux missions de terrain et d'échantillonnage (capture, dissection, échantillonnage biologique)
- Réalisation des analyses sur échantillons biologiques collectés : extraction ARN et quantification des gènes du stress ; quantification du cortisol.
- Réalisations des expérimentations de respirométrie de mesure du métabolisme
- Traitement, analyse et valorisation des résultats (communication, article, rapport)
- Participation aux réunions projet.
Mots clés
Activités récréatives, Physiologie des poissons, Stress et métabolisme, Aires marines protégées, Conservation et durabilité

Comment se déroulera votre activité ?

- L'étude comparera des sites avec et sans pression touristique dans deux aires marines protégées du sud-est de la France.
- Les échantillonnages auront lieu avant, pendant et après la période touristique (juin, août, octobre). Des poissons juvéniles et adultes sont capturés à chaque site et période.
- Le stress aigu sera évalué via l'expression de gènes dans le cerveau (hypothalamus), tandis que le stress chronique sera mesuré par le cortisol accumulé dans les écailles.
- L'impact du tourisme sur le métabolisme et la croissance sera étudié par respirométrie en laboratoire et sur le terrain.
Qui êtes-vous ?

- Master en biologie marine, écologie ou domaine proche, avec de solides bases en physiologie et écologie des poissons.
Vous avez les compétences, connaissances et expériences suivantes :

- Expérience en échantillonnage de terrain
- Connaissances des techniques de laboratoire en biologie moléculaire Biochimie (ELISA) et respirométrie est souhaitée.
- Compétences en analyse de données (R, statistiques).
Vous avez les qualités suivantes :

- Rigueur et méthode,
- Sens de l'organisation,
- Qualités rédactionnelles
- Esprit d'initiative et d'ouverture, travail collaboratif
- Motivation pour une recherche interdisciplinaire dans le domaine de la conservation
Quels sont nos avantages ?

- Nous avons un accord de télétravail (à partir de 6 mois d'ancienneté) et nos collaborateurs bénéficient de 12 RTT et congés supra légaux. Nous avons une politique d'incitation à la mobilité douce : forfait mobilité durable.
- Nous avons une politique ambitieuse de développement des compétences de nos collaborateurs, au travers des actions de formation individuelles ou collectives.
- Nous sommes engagés dans une politique RSE inspirée de nos raisons d'être.
Comment postuler ?
Le dossier de candidature doit comprendre dans un même pdf :

- un CV
- une lettre de motivation
- une lettre de référence
- un relevé de notes (Licence + Master 1 et premier semestre Master 2)
La date limite pour la remise des candidatures est le 26/05/2026. Néanmoins, nous vous engageons fortement à faire part dès que possible de votre intention de postuler, en prenant contact avec le responsable de sujet :

- Benjamin Geffroy
- David J. McKenzie

Les contrats des doctorants démarreront à compter du 5 octobre 2026, sous réserve de la production par le doctorant des documents administratifs autorisant son recrutement par l'Ifremer (attestation de réussite au master 2 ou diplôme d'ingénieur + visa pour les doctorants étrangers hors U.E.).

Quelles sont les prochaines étapes ?

- Évaluation de votre dossier
- Entretien physique ou en visioconférence
- Entretien, lors d'une commission à l'école doctorale, avec des interlocuteurs de l'école doctorale et de l'Ifremer
- Validation du dossier par le conseil de l'école doctorale